一、楔子
萧平实的学术思想核心，在其第一本著作《无相念佛》中对自己的介绍，可以一窥全貌。该书的作者介绍说：「作者早年游于世务，厌恶迷信，中年归命三宝，矢志求道」。这样的自我介绍，直到现在从来没有改变过。由此可见萧平实虽然他的著作经常归类于宗教，可是他的真正精神，其实是科学而非迷信。
宗教信仰与学术研究的差别，在于宗教信仰只是纯然的相信而没有科学的证据与证明，甚至是违反事实；例如《旧约全书》的〈创世纪〉对宇宙在六天内创造的描述，就是一件违反事实的迷信邪说。学术研究是以科学的方法，实事求是的态度来立论，并可以经得起反对者的客观验证，重复检验；例如唐代玄奘大师著作《八识规矩颂》将生命可解剖为八个识的事实清楚呈现于世界，直至今日仍可客观的验证其真实性。从这样的角度来看，学术研究者若没有科学的论述，那么虽有学术身分，则其论述也只是宗教信仰；宗教信仰者若有科学论述，那么虽具宗教身分，则其论述亦可以有学术的贡献。当代的萧平实先生虽然自许为佛教信仰者，但他对于佛教教义的诠释却提出极为科学的论述。
二、何谓实证佛教
萧平实的学术思想与其自我介绍完全一致，可以「科学实证」作为概括与总结，从而奠定其独特的学术地位与影响。萧平实的学术研究从佛教教义出发，最后扩及到对社会文化以及世界文化的可能影响。要了解萧平实的学术思想，则要聚焦于他对佛教的诠释与定位。萧平实在2007年出版的〈正觉学报创刊词〉中说：「要认识真正的佛教，只有实证的方法与确实履践，别无他途，而这种方法是人类认识涅槃、认识实相的基础。譬如如何认识杯子中水的滋味与温度呢？再多的语言、文字与说明，都没有办法清楚完整地指称杯子中的水味或温度；只有亲自喝了杯中的水，才能够说明那杯水的滋味，才能知道要采用什么属性可以客观的描述那杯水的味道或温度。」（《正觉学报》创刊号，页9）
萧平实提出「实证方法」，将佛学研究从以往以文字训诂为主的方法，提升成为具有客观实证方法的一门科学，扫除宗教迷信的色彩，成为萧平实对学术研究与社会文化产生巨大影响的核心价值。
萧平实高举著具科学性的「实证佛教」大纛直指日本「批判佛教」的错谬。萧平实在〈正觉学报创刊词〉中说：「从方法学来描述佛教时（例如：以批判为方法来研究佛教，就是「批判佛教」的话），那么真正的佛教应该称为实证佛教，不应该用其他的方法称之。」（《正觉学报》创刊号，页9）也就是说，对于现存研究佛教的方法，萧平实认为那些方法都不是正确研究佛教的方法，最多只是辅助性的方法。只有实证方法才是佛教真正的研究方法，而且也是释迦牟尼佛所指定的研究方法。
实证方法记录在阿含经中称为「蜜丸喻」，《中阿含经．林品》〈蜜丸喻经〉描述尊者大迦旃延针对释迦牟尼佛略说的法要，竟然可以广说、分别之。于是诸比丘便请问佛陀：「为什么尊者大迦旃延可以广说分别世尊所略说的法要呢？」佛陀答复：
犹如有人因行无事处、山林树间，忽得蜜丸，随彼所食而得其味。如是族姓子于我此正法、律，随彼所观而得其味：观眼得味，观耳、鼻、舌、身，观意得味。
佛陀说：就好像有人行走于无事处、山林树间，忽然得到蜜丸，随着他品尝着蜜丸而知道它的味道。就像这样，有大族种姓的弟子大迦旃延在佛陀的正法与戒律中，随着佛陀那样观察就可以获得相同的味道：观察眼识获得眼识的味道，观察耳、鼻、舌、身，观察意识而获得意识的味道。由此可知，萧平实所倡导的实证方法，确实是释迦牟尼佛将佛法传承给弟子所采用的正确方法。
三、实证佛教的学术影响
萧平实所倡导科学的实证佛教，其具体的体现就是「八识论」的提出。就如同上举蜜丸喻中对眼、耳、鼻、舌、身、意等六识的观察，实证佛教以现代解剖学的概念将生命解剖为：除了物质的身体之外，还有眼见色、耳闻声、鼻嗅香、舌尝味、身觉触、意知法、末那决定，以及阿赖耶储存记忆等八种功能的识。因此，所谓的「八识论」，用现代的学术概念来说，其名称应该称为「心理解剖学」。其中第八识阿赖耶识又名如来藏，是永恒存在而不生灭的心体，使得记忆可以永远储存而不漏失。虽然记忆在下一世因有隔阴之迷而暂忘，但自我与他人之关系而形成的「业」（记忆的另一个佛教术语），仍然完整地保留在阿赖耶识中，作为一切因果成立的基础。萧平实的著作及演说全部围绕在上述科学实证的八识论的阐述与说明，因此达到以下广大的影响。
第一，将概念性定义（conceptual definition）转化为操作性定义（operational definition）。
以往文史哲学门领域对于永恒事物的探讨，都只能以抽象性的概念来讨论。但受限于语言文字表达上的落差，经常成为彼此语意混淆的文字游戏或辩论游戏。但是，具体的「心理解剖学」的内容，则将以往抽象的概念性定义，一举推向科学的操作性定义，使得对永恒事物的探讨成为可以客观重复验证的自然科学学门，从而解答数千年来哲学界不能解答的各种命题。
例如，佛教修证的第一个智慧果位为初果须陀洹，初果须陀洹的概念性定义是预入圣者的圣流中。而「须陀洹」以全等命题（请参考《正觉学报》创刊号第68页）的方式，建立操作性定义为「断三缚结：断我见、断戒禁取见、断疑见」，是证得第一分解脱；其中「断我见、断戒禁取见、断疑见」又是概念性定义，又各自开展其操作性定义。例如「断我见」是概念性定义，其全等命题的操作性定义为「断五阴十八界之我见」。「五阴十八界之我见」有其概念性定义，也同时有全等命题的操作性定义。最后，关于「五阴十八界之我见」的概念性定义与操作性定义二者在实际的对应上，就称为实证性的「现量观行」。也就是进行「现量观行」的学佛人，在亲教师的指导下可以在生活的经验中，将生活中所有可以观察到的全部事物加以分类。例如，将之分类为「色阴、受阴、想阴、行阴、识阴」五种分类，而这种分类有其明确的区别并且永远不变。因此，概念性定义下的「断我见」者，其实有其操作性定义下「五阴之我见」的分类智慧，并且确认「五阴」共同具有无常性与无我性。
像这样符合逻辑、层次体系严谨，并且最后可以在现前的生活境界中确认概念性定义与操作性定义相符相合，而引发函盖所有一切法如何分类而不变动的解脱智慧，就是「实证佛教」具有普遍性、再现性与辨伪性的科学性意义。因此，这一套逻辑严谨、次第鲜明的体系，是一切具有学习能力的人都可依循学习的贤圣学程。
由于萧平实倡导的「实证佛教」具有转换概念性定义与操作性定义的功能，因此使得「实证佛教」成为佛教文化中最高层次的修证，并且几乎可以解答所有哲学体系中长久以来难以解决的各种命题。例如，心理解剖学的八识论中，永恒的第八识是每一个生命轮回的本体，永远储存着每个人每一世的记忆而成就因果报偿，解答了本体论者一向无解的命题。实证佛教采用现量、比量与至教量等三量，是具有客观性的实证方法，以杜绝迷信，解答方法论命题。采用三量实证永恒的第八识心体所获得的知识，完全符合现象界所呈现的事实，因此也是世界上最有价值的知识，解答了知识论命题。
因为采用科学性的实证方法，从此打破属于概念性定义的人文社会学门与属于操作性定义的自然科学学门的藩篱，将人文社会学门与自然科学学门共同融合在相同的操作性定义之下。这项划时代的创举，将在学术历史上留下光耀且不可抹灭的里程碑。
第二，建构科学的实证性批判。
马克思认为宗教是人民的鸦片，其实只是对基督教文化的批判。因为基督教文化建立虚构的超人上帝与幻想的天国，寻求不可见的来世永生与快乐。因此，马克思批判基督教文化中这种欺骗世人的天国与超人上帝，主张应该寻找自己的真正现实性的地方。
然而，实证佛教就是在生命眼前最现实性的地方，以事实验证永恒性的第八识如来藏心体的存在，以确认生命的永生。因为生命轮回就是主张生命的永生，由第八识如来藏的实存得以重复验证现象界背后之此一真相。这样永生的事实，并不依靠任何的信仰来获得，而是生命的本质所隐藏的就是永生。因为真正的永生与永恒，必定与现在的生命同时并存。若是不能与现在的生命同时并存的永生与永恒，就是在现前当下会中断的假永生与假永恒，是具有欺骗性的永生与永恒。
实证佛教提出科学的实证性批判的意义，就是要以事实来验证各个宗教的主张，使得宗教领域也要符合科学与理性，使得宗教探讨永恒事物的命题，不必等到死后生到天国才获得永生与永恒。因为真正永恒的事物必然在眼前最现实的地方，而不在于未来的天国。因此，萧平实主张社会最上层结构的宗教，应该是科学性的而不应该是迷信性的。从而使得整个社会从最上层结构到最下层结构都可以有科学上的一致性与客观性。那么藉着宗教迷信而骗财与骗色的犯罪就可以从根本上被扼止，乃至想藉着宗教迷信而获得政治利益，使得国家社会动荡不安的危险就可跟着避免了。
实证性批判外显的特征就是客观的事实验证，以及依据可验证的事实所进行的逻辑辩证。萧平实认为「实证是检验真理的唯一标准」，而其著作与演说内容，皆以事实验证，以及依据事实进行逻辑辩证，指出宗教迷信的错误与荒谬。因此，与其说萧平实是宗教的信仰者，不如说萧平实是个科学的实践者，而且努力将充满迷信的宗教领域，翻转为科学且理性的领域，从而使得整个国家与社会文化各个层面充满着科学实证的文化与精神。
第三，复兴中国传统佛教作为唐宋佛教文化绵延的活水源头。
萧平实认为科学的八识论，并非他独自新创的见解，而是承袭自唐代法相唯识宗玄奘大师的《成唯识论》与《八识规矩颂》的八识论，以及禅宗弘忍大师、慧能大师主张「不识本心，学法无益」的本心论。其中禅宗所指的「本心」，就是八识论中的第八识如来藏。所以，萧平实所提出的八识论，不但揭开中国传统佛教教义的宗教面纱，显示中国佛教原属科学的、实证的本来面目；同时也厘清中国传统佛教的教义，重现唐宋佛教文化的底蕴，更将中国传统佛教与文化推向现化代与科学化的新境界，并且赋予中国传统文化与时俱进的活水源头。
第四，抵制缺乏科学性的新兴宗教及外来文化。
南北朝的禅宗初祖菩提达摩大师从西而来开创禅宗，传授「以心印心」的实证性佛法；唐代玄奘大师则西行，在佛教灭亡于坦特罗（tantra）前，从印度取经回到中土。由于上述二位大师或从西来或往西行的努力与奋斗，从此中国成为保存纯正佛教教义的唯一净土，契应了佛陀大乘佛法北往中国广弘的预记，佛教的心灵文明也成为21世纪中国傲视全世界的瑰宝。
所以，传承自唐宋八识论的中国传统佛教才是科学且永恒的正统宗教，违反科学而非理性的宗教都是新兴宗教。因为具有实证第八识永恒心体的宗教，才是真正科学理性的宗教，其余的宗教都是后起的新兴宗教。
例如，萧平实在〈正觉学报创刊词〉中说：「中国内学院的欧阳竟无与吕澄、台湾福严佛学院的释印顺及其追随者，在中国文化大革命后的佛学萧条背景下，以及台湾传统佛教界对释印顺的极度包容中，使得这一股缺乏实证并且缺乏理性论证的声音，过度的渲染与放大，渐有取代传统佛教八识论正法的趋势，令此错误看法能由日本传向台湾与大陆，终于能在台湾由印顺派垄断佛学学术界的发声管道。」
清末民初的中国，内学院代表着元明清三代掺杂坦特罗佛教的遗绪，以及面对日本与西方外文化的挑战。在中共建政后的文化大革命清除了掺杂坦特罗的表相佛教，也形成传统文化内容的空缺，导致20世纪中国地区成为缺乏自我文化认同的文化弱国。因此，在唐代与佛教共同竞争而传教失败的基督教，在近代重新进入中土逐渐转败为胜取得文化优势，使中国成为全球最大的基督教国家（一般估计中国已有约八千万人信奉基督教了）。这就是因为科学的传统佛教文化，失去了实证精神的活水源头而无力抵抗外来宗教文化的侵略了。
在台湾，因为曾受荷兰、日本统治，因此极受日本与西方文化的影响。日本曾吸收唐宋佛教文化作为日本文化的底蕴。但在西化的明治维新之后亟思「脱亚入欧」，因此反对中国传统佛教而主张「大乘非佛说」，企图打倒中国佛教作为大乘佛教文化宗主国的地位。
台湾的佛教界，即使从中国大陆迁移台湾的僧人所建立的佛教山头，在缺乏中国传统实证佛教文化养分之下，不免受日本影响而加入「大乘非佛说」的行列。例如台湾的释印顺大量引用日本主张「大乘非佛说」学者的文章，所撰写的《妙云集》与《华雨集》更可作为「大乘非佛说」的代表，成为极力反对中国实证佛教的代表者，其门徒释昭慧（本名卢琼昭）则继承其学说。在台湾的佛教界与学术界，只有萧平实秉持复兴中国传统实证佛教的立场，独力对抗日本与西方文化所共建的「大乘非佛说」而卓有成效。萧平实能在台湾百家争鸣的情况下，力抗日本、西方的文化与宗教，全赖其具有科学实证精神的有力论证，使得不符事实与逻辑的「大乘非佛说」思想言论无法扩大其影响力，进而在台湾逐渐消沉下来。因此，佛教文化中只有属于修证最高层次的实证佛教，能够抵抗犹如繁星般众多的新兴宗教与外来文化。