第七章 能持种者方能生六转识，能生六识者只有阿赖耶识
唯有能执持一切种子的心体，才可能出生前六识，意根既然不是能执持一切种子的心体，当知绝无可能出生意识。意根如是，眼、耳、鼻、舌、身等五根，当知也是同样的道理：五根既然不是执持一切种子的心体，又是色法，当然也是不可能出生前五识的，唯有心法才能出生前五识故，所以安慧法师造论说“根是种子、根能生识”，是完全不符法界实相的。而安慧等人既然主张意根只是种子，不是心体，那么意根就应该是被另一心所执持的种子，而不是能持种子的心，所以依安慧的主张意根一定不可能执持意识的种子，那就不可能出生意识心体了，所以第七识意根及前五根都是不能出生意识等六识的。所以，安慧在《大乘广五蕴论》中倡言：眼的净色根有真实性，所以能出生眼识；……乃至意根是主，能出生意识。这样的说法，与他自己否定意根的存在的说法，已经是自相抵触了，更是违背教证、违背理证的说法。
何以故？谓意根既然只是意识的种子，则意根当然是不存在的，也是不与意识同时存在运作的。但是经中佛说意根是与意识同时同处而存在的，而且又说意根与意识的体性有极大差别，又说意识依意根与法尘为缘才能生起，又说此三法同时存在，意识才能运作，安慧怎能违背 佛说圣教？而说意识的种子即是意根？成为“意识心现行时意识种子不存在，故意根不存在”的邪理，而说意识种子即是意根？故知安慧不但不懂大乘佛法般若，也不懂小乘声闻菩提所说的十八界法、十二处法、五蕴法，如是而造《广五蕴论》，并且以其已经误会之后的小乘法而冠以《大乘》之名，以求名闻，以求供养，皆成破坏正法之邪说也，杨、蔡、莲等人不知其中处处错谬，无智检择，如何可以取此邪论而弘佛法？甚至以此邪论作为根据而破坏大乘佛教如来藏深妙正法？而破坏三乘菩提根本所依之如来藏阿赖耶识？而诬谤从无生灭的阿赖耶识心体为生灭法？
而且，在第三转法轮的经典中， 佛曾处处宣说：阿赖耶识心体能执持一切法的种子。既能执持一切法的种子，当然是执持意根的心（因为安慧说意根只是意识心的种子），所以“意识种子的意根”必定是由阿赖耶识所执持的，当然阿赖耶识心体才是能出生前六识的心体啊！眼根等五色根，以及心法所摄的意根，既然不是能执持一切种子的心体，当然不是能出生六识心的法体，所以安慧在《大乘广五蕴论》中倡言六根为六识之主，六根能出生六识的说法，是极为荒谬的，是虚妄的说法。
圣 玄奘菩萨在《成唯识论》中开示云：【“一切种相”应更分别，此中何法名为种子？谓本识中亲生自果功能差别。此与本识及所生果不一不异，体用、因果，理应尔故。虽非一异，而是实有。[0008a05]】
语译如下：【一切种子的法相，比之于前面所说的“自相门的阿赖耶识，果相门的异熟生死果”，是更为复杂的佛法，所以应该更作深细的分析别说。既说有一切法的种子，那又是什么可以称为种子呢？ 答：这是说，在根本识阿赖耶心体中，因为无始劫以来，阿赖耶识心体亲自所受的种种熏习的原因，所以从阿赖耶识中渐次的生起了各种差别不同的功能；这些出生各种差别不同果报的功能，以及能够配合七识而运作的一切功能，就是种子。这些种子──功能差别──以及从阿赖耶识心体上所出生的异熟果报，是与阿赖耶识心体自身不一不异的。也就是说，心体与功能作用互相之间，因与果互相之间的道理，本来就应该如此的，事实就是如此的。虽然阿赖耶识心体与祂所显现的种种功能，并不是同一，也不是非一，然而阿赖耶识心体与祂所显现的种种功能，却是在现象界中真实有──是可以体验的实法──不是纯粹想像的虚妄法。】
窥基大师注释此段论文云：【述曰：下第二，广上三相。于中有三：初发问，次广释，后总结之。此即初也。 上来虽言能持法种，与法为种，仍未尽理分别种相，故今应说。先发论端，自下广释。初出体等，以十门分别种子，后第二辨熏习相。 论：“谓本识中”至“功能差别”。述曰：此出体也。言本识者，显种所在，简经部师“色、心等持种。” 亲生自果，简异熟因，望所生果非种子故，要望自品能亲生故。 功能差别，简现行七转识等，望所生种虽是因缘，亦亲生果；是现法故，非名功能，故以功能显种子相。】[0302b21]
仅将后半段语译如下：【所说本识的意思，目的是在显示种子依止的所在，藉以简别经部师所说“色法五根、意识心能持种”的邪见。 “亲生自果”一句的意思，是在简别异熟果报的正因，相对于所生的异熟果已不是种子而作此说故，得要相对于意识自己的心品而能出生者，才能说是亲生自果故。“功能差别”一句的意思，是在简别现行七转识与阿赖耶识自体的功能是有所差别的，相对于七转识的种子而言，虽说阿赖耶识即是七转识的因缘，但七转识其实也是阿赖耶识亲生的异熟果；由于阿赖耶识与七转识都是现行法的缘故，不能称为种子──功能差别──所以另外用“功能差别”四字来显示种子的法相。】
由此可知，执持种子的心是阿赖耶识，不是意根，因为意根是现行法，被意识所缘而共同运作故；而且意识种子也不可能独自存在于虚空，或是存在于虚无空无之“无”法中。而且，《成论》中说七转识是同时现行的现法，窥基大师在《述记》中也说：“七转识……是现法故，非名功能，故以功能显种子相。”也同样是说意根是现行识，不是种子，所以意根不能称为种子，当然不可能是意识的种子；既如此，则意根必定是与意识同时现行的心体，绝不可能是安慧所说的意识的种子；因为意根如果是种子，那就不会有现行运作的意根了，就不可能作为意识的俱有依根了；由此可见安慧等说意根是意识的种子，这说法是很荒唐的。而且，意根如果只是意识的种子而不是现行识，那么十八界就得减少一界，就成为只有十七界，成为安慧法师个人的创见了，但却是大大违背佛的圣教。意根本身既无持种的功能，依安慧的说法又是意识的种子，那么意根当然必须由另一个实相心来持祂（种子），那就更加的证明阿赖耶识心体实有，绝非识蕴所摄的了，那么安慧又怎么可以否定阿赖耶识的实有呢？
所以，意识种子得要存在阿赖耶识中，而以意根为缘，才能从阿赖耶识中生起；在原始佛教的二乘经典四阿含诸经中，世尊也是如此开示的：“意法为缘生意识。一切粗细意识皆意法为缘生。”所以，意根与法尘同时存在时，意识才能出生，由此即可证明意根与意识是同时存在、同时运作的；如果安慧硬要说“意识种子即是意根，意识现行时意根已经变为意识而不存在”的话，则意识现行时，相分法尘种子也应该与意根同时消失了，应该法尘在意识现行时，与意根都同时不存在了，才能使意识现行；如果意根只是意识的种子，意识现行时意根就灭失了，则相分法尘使意识现行时，相分法尘也应该如同意根一样的灭失了；那就违背意根与法尘存在的时候意识才能存在的圣教了。所以安慧在论中所说意根为主能生意识，意识种子即是意根的说法，是错得很离谱的说法，有智慧的佛子们怎能信受这种很离谱的说法？但是杨、蔡、莲等人却信受了，却取安慧的邪论作根据，来否定阿赖耶识心体，谤为生灭法。
圣 玄奘菩萨于《成唯识论》中，先举出“安慧对正法之质难”：【假法如无，非因缘故；此与诸法既非一异，应如瓶等是假非实。[0008a08]】语译安慧对正法的质疑语句如下：【所谓假法的意思是说，犹如空无一法的施设名相才是假法，因为不是从因与缘的和合而出生的缘故；所以你所说的这个阿赖耶识心体，和祂所出生的一切种子，互相之间既然不一也不异，不是由某一因及某些缘的和合而出生的阿赖耶识，那只是假名，不是犹如因缘所生法一般可以被人所接触到，所以那个阿赖耶识就应该好像瓶子、衣服等物一样，都是假有的法，都不是真实有的法。】这是 玄奘菩萨列举安慧法师对阿赖耶识心体实有的质难。
窥基大师的《唯识述记》中，也叙述安慧对大乘法阿赖耶识的质难：【生等假法如龟毛等，体是无法，非因缘故。种子望法，即是因缘，故体实有。 问：生等既如无，应非行蕴摄。答：依法施设故，故是行蕴收，然法非果。生非是因，即于法上假施设故。亦有唯于现行等法，或种上立，故例不同。种子非现行，因、果差别故。 论：“此与诸法”至“是假非实”。述曰：此安慧等难：问“生等与法非因果，不可例同于种子者；此与诸法既非一异，有因果故，应如瓶等是假非实；瓶为假果体，色等为因故。”[0302c26]】
语译如下：【所生等假法，就好像是龟毛等物，体是无法，因为不是因缘所摄的缘故。从种子这边来看待种种法，种子就是种种法的因缘，所以种子的体性是实有法。 有人问说：“所生等法既然好像是无法一样，那就应该不是行蕴所摄的了。”答：“依法性施设的缘故，所以说是行蕴所摄，然而所生诸法并不就是等于果。”所生诸法并不是因，只是在现行的法相上面假名施设为所生法的缘故。也有纯粹在现行等法上施设，或者是在种子上面施设，所以施设的实例不一定是相同的。因为种子并不是现行，在因相与果相之间是有差别的缘故。这就是安慧等人对大乘正法的质难，他们问说：“生等诸法与法的种子之间，既然非因非果，既然互相之间不是因与果的关系，所以不可将所生等法视同种子的话，而说种子与所生法之间既然不一不异，因为互相之间是因与果的关系的缘故，那么种子就应该好像是瓶子衣服等物一般，都是假有而非真实的法；因为瓶子是假的果体，是以物质等色法为因的缘故。所以依照你的说法，种子也应该是假有非实的。”】这也是列举安慧法师对阿赖耶识心体实有的质难。
《成唯识论》 玄奘菩萨对安慧这样的质难，答覆云：【若尔，真如应是假有；许，则便无真胜义谛。[0008a09]】语译如下：【如果真的是像你安慧所说的一样，那么你所说的真如就应该也是假有的名相了，如果你允许自己的说法是正确的话，那就不可能有真正的胜义谛了。】
窥基大师在《成唯识论述记》中，针对 玄奘大师这一段文义，注疏曰：【此论主质，真如与诸法既非一异，应是假有，如种子故。真如是法性，与法不一异，如前已解，故得为喻。此难清辨、安慧（……）等。 设彼救言：“真如亦假，不起故，如空华。”许，则便无真胜义谛；真胜义谛若许无者，约谁说有世俗谛耶？何有涅槃？而有造修求成佛等？蕴、处、界等通真、俗谛，真如唯真，名真胜义。[0303a09]】语译《唯识述记》这一段文句的意思如下：
【这是论主 玄奘大师反问安慧法师：“依照安慧、清辨你们的说法，也应该可以这样说：‘真如与诸法既然非一亦非异，那么真如也是应该是假有的法相。’因为真如也好像是种子一般啊！”但是真如其实只是阿赖耶识这个第八识心法的体性，与阿赖耶识这个法体不一不异；就像前面已经解释的那样，所以可以这样来作譬喻。这是反过来质难清辨与安慧等人的邪说。假如他们返身回救而这样说：“真如也是假名施设，因为真如不起作用的缘故，就好像是空中幻现的花一般。”如果准许他们自己的说法可以成立的话，那么佛法中也就变成没有真实的胜义谛可说了；真胜义谛如果可以假有、是没有真胜义谛的话，那又是依据什么道理而有你们二乘人所说的世俗谛呢？那又是如何可能会有无余涅槃的修证呢？这样一来，又如何能够有造作福业、修学诸法而求成佛等事呢？五蕴、十二处、十八界等法，是通于大乘真谛与二乘俗谛的，真如唯是第八识的真实性，名为真胜义。】所以安慧所说的真如，与他自己所说的意识种子即是意根，不须别有阿赖耶识心体作为意识种子所依止之处所，都是虚妄的说法。
《成唯识论》接下来又辨正云：【然诸种子，唯依世俗说为实有，不同真如。种子虽依第八识体，而是此识相分非余；见分恒取此为境故。】语译如下：【然而一切法的种子，都是依世俗现象界而说为真实有，不同于阿赖耶识所显现的心体的真实如如体性实有不坏。种子虽然依附于第八识心体而现行，但却是阿赖耶识心体的相分，并不是别有种子，也不是别有其他的法可以名为种子；因为七转识等见分，是恒常不断的执取阿赖耶识心体的种种功能差别现行的法相，作为七识心所缘的境界的缘故。】
《唯识述记》就此段论文注疏曰：【此种虽依异熟识体，即是依于自体分也。亦非见分，见分一向缘前境故，是自体分，义用别故，非受熏故。此言种子依识自体，自体即是所受熏处，不可见分初受余熏，种后便依自体分住。此论依附，即依自体；若据别摄，即相分摄，非见等摄；即是见分缘自证分差别功能，以为相分；非是缘于自证分体。若不尔，即无证自证分。又说“见分但缘外”故。何故不是自体分摄？论：“见分恒取此为境故”，述曰：此（“见分恒取此为境故”一句乃是）护法释，见分恒缘故是相分，即是（第八识之）识体功能义分，故成相分；真如亦是识之自体，应为相分，真如是识实性摄故。既称无相，不同种子，种子非是识实性故，故为相分。真如但是识之性摄，体实无相见分，唯不缘识自体。】