阿赖耶识也能够变现意根出来，让意根能够时时作主、处处作主。当意根开始作主之后，却又把阿赖耶识据为己有，而说阿赖耶识的所有功德性都是意根祂自己的功德性，这就是唯识学中所说的“意根恒内执阿赖耶识为我”。这一句话，还没有破参的人就一定听不懂，只懂得字面上的意思，不懂真正的意思，但是破参的人一听就懂了。
其实意根是附属于阿赖耶识的，只是因为阿赖耶识从来都不作主，祂就像西蜀后主阿斗一样，意根就像诸葛亮，八识心王都是意根在作主。阿赖耶识从来都不思量，所以祂从来都不作主，但是意根需要什么祂就会供应什么，祂都作得到，因此阿赖耶识祂是一切最胜。
由于阿赖耶识变现的五色根加上意根，然后有了前六识出现；有了前六识出现以后，接下来五遍行的心所有法，以及欲、胜解、念、定、慧的五别境心所有法，善十一和二十六个烦恼法、四个不定法，这五十一个心所法统统就会跟着陆续出现，因为这些就是这八个识的体性。
五十一个心所有法，是由这八个识和合运作才能变现出来的，依附于阿赖耶识心体的现行识，以及阿赖耶识所执藏的意根种子，意根就能够在阿赖耶识的配合之下变现许多法相出来，所以意根叫作第二能变识；由于阿赖耶识与意根的配合而生起前五识，所以意识能变现出人们所构想的以及所实行的种种法来，所以意识叫作第三能变识。因为有这些法的缘故，所以色、声、香、味、触五尘，以及世间或出世间的一切法就跟着出现了。
在大家还没有修学种智之前，往往都以为：“我看到电视上有人在说佛法。”其实你根本就没有看到，你所看到的是自己的眼根所产生的讯号。也就是由你身体中眼睛相关的器官——眼球、视网膜、视觉传导神经、大脑中的视觉细胞等这些眼根透过眼球摄取外面的影像，投射到眼球后的视网膜上成为讯号，经由视觉神经再传达到大脑中，在大脑中密密麻麻的视觉细胞上就形成许许多多的微弱电压；也就是说，这些视觉细胞的讯号，如实地反应了从外面的色尘所摄取的境界，而你真正看到的就是你大脑里面这些东西，而不是身体外面的那些实际的东西。
当你大脑中的视觉细胞区域，根据外面的影像而产生了一些讯号之后，你的阿赖耶识就根据这些讯号变现出一个和外面影像相似的内相分出来。而其实你的七个识所看到的是这个阿赖耶识所变现出来的内相分，你并没有真正地看见外面实际的影像。这就好像一辆战车中的驾驶兵，坐在战车里面，透过三棱镜的反射而看到外面的影像。他所看见的那些影像并不是真正外面的影像，但是跟外面的影像是完全相似的。
阿赖耶识就是能够这样变现你自心里面的色声香味触内相分，由这五尘内相分上，再产生了法尘，让意根接触到，意根想要详细地了知法尘与五尘，就现起意识觉知心，意识就在这阿赖耶识所变现的六尘内相分中去分别：“电视上讲话的这个人长得好瘦或是长得好胖等等差别。”但是其实电视上的影像，你根本就没有看到，你所看到的色尘相，是由外相分转换成你五胜义根里面的内相分，而这内相分里面的色声香味触法，统统是由你的阿赖耶识，也就是自心如来藏所变现出来的。八识心王和合运作的结果，就能够变现一切法，因此说这八识心王是“一切最胜故”。
如果没有第二位的五十一心所有法，如果前六识不是有那种能够见色、闻香、尝味乃至知法的功能差别，你就无法作任何的觉知和了别。因为有这六个识，有这些种子----有这种功能差别----有这种界的体性，所以你能够与一切的世间法相应。可是你所相应的一切世间法----你所接触的世间法----其实都只是你自己的第八识及其他七识心王所变现出来的，都不是外面有的法；你所接触到的、领受到的，都是你自己的心所变现，因此叫作三个能变识。所以这八识心王叫作“一切最胜故”。
也许有人会抗议说：“你说没有外法，那是不可能的！明明就有外法。譬如我现在前面就是有一台电视，这电视上有影像，而且也会出声音，难道这不是外法吗？这些法怎么会是由我的心所出生的呢？”但是事实上，却是你并没有真正地看到这些影像，或是听到这些声音，你所看到的是经由你的眼根，透过传导神经而传到你大脑胜义根里的一些讯号，然后你的阿赖耶识就在那里变现出内相分的影像，让你的眼识去了别。所以你能够看到的，还是你阿赖耶识所变现出来的影像内相分，而不是外面那些实际真正的影像。
也许又有人会说：“怎么没有外法？你看科学家都可以发明原子弹、氢弹、核子弹、中子弹，未来甚至有可能发明核融合的技术。这些科学上的进步和成果不是外法，那又是什么呢？”然而这些成果背后的原因，却还是由人类的心智所成就的，这些物质本身不会自己变成电视、车子、房子等东西；是要靠人类的心智去分析、研究、设计、测试等，最后才会完成一件科学的成果。所有的这些外法，还是由有情的八识心王所出生，所以没有外法可得，一切都是自心所现。既然是这个样子，那八识心王就是一切最胜的了，是一切诸法里面最殊胜的，祂们是诸法的根本；可是从八识心王自身来看，前面的七转识又归结于阿赖耶识，祂真实能出生万法而又如如不动，所以这个法门又称为“心真如门”。但是心真如门又包含了七转识的心生灭门。以上所讲的是五位百法中的第一句“一切最胜故”。