此处所说的制约行为，其实就是习气，就是行为的惯性，就是业力。虽然由无量世以来，错综复杂的因果而产生的习气、业力，不是我们所能全部了知的，但是它所产生的原理都同样是「种子起现行，现行熏种子」的制约行为的形成与重现。其实，从现实生活的行、住、坐、卧中，只要用心观察，都不难看出习气与业力运作的影子──制约行为。
第一节制约行为无处不在
制约行为无处不在，也一直跟着我们，它默默的影响我们一切的行为。例如，当热恋中的少年男女看到心仪的对方时，为何不待意识思惟，内心早已小鹿乱撞？当这对男女看到与双方感情有关的事物时，心律为何会加快？当双方将赖以传情的通话时间，相约固定于每天的某一时段时，为何每天时间一到，不待电话铃声响起，已是千头万绪、心中澎湃不已？这一切都在说明：「你已经被爱情制约了。」说明白一点就是：「你已经成为爱情的俘虏了。」当一切与双方有关的事与物，被「类化」于爱情的概念底下，而反过来影响你的思想与行为，这就是「制约」。
相同的，当某些人、事、物与你的瞋心相应共鸣时，并逐渐形成你对同一个人、事、物的瞋习；当你下次遇到同样的人、事、物，不待语言文字思惟，瞋心已然悄悄抬头；不待意识思惟，与生气有关之内分泌、心跳、血压或其它生理反应，早已由潜意识中之杏仁核、下视丘所主导而悄悄启动；你可能不待对方动作、不待语言升起，早已面红耳赤，甚至怒不可抑，而且进一步影响后来与意识有关的思想与行为。由于与瞋心所相应之故，你的意识思惟将受其影响，你可能语无伦次或口出恶言。你的意识也可能盱衡情势，为顾及形象，不得不压抑愤怒行为的继续发展，但是潜意识末那这个茶壶内的风暴早已一发不可收拾。从这种不想生气却又偏偏由不得你的状况，再度看出意根末那是有多顽强。当瞋心的神经回路一旦被它启动，往往是很难压得住的，若无法透过正确的修行、观照，瞋行的制约只有再度的被增强。而瞋习之制约过程的逐步增强，是有其程度深浅之转折，一般众生由于无明所覆，很难深入观察得到。当某些人、事、物与己意相违，怨心已起，这正是瞋心抬头的开始。若不思对治，任其发展，意识将与其狼狈为奸，筹谋思量、设计报复，恼乱之心便相继而生，瞋的制约行为就跟着增强。若再不思对治，怨、恼之心将逐步蔓延而转成瞋恨之心，并付诸于身、口恶行，于是又完成了另一次的「种子起现行，现行再回熏种子」的环绕循环，如是将再度的用一根长钉，将此瞋行牢固的钉入潜意识末那里面，形成更深厚的瞋习种子，以待下次因缘的来临，再度生起更大的瞋习现行。
情绪的运作，是制约行为最容易观察出来的地方，尤其是负面的情绪。由于潜意识末那的顽强，意识除了为它提供服务以外，是很难与其抗衡的，除非能有智慧从根本加以解决。由于意根末那的一意孤行，造成大脑中神经蛋白元错误的释放，神经传导物质分泌的错乱，意识不得不沦为其附庸，并为其所操控；如此而来，使得情绪管理只有每况愈下而已；世纪三大病症之一的忧郁症的形成，与此有着极密切的关系。
第二节制约行为横跨三世
这一切包含身、口、意行的制约行为，其实是由意根的遍计所执性主导的，而这其中更牵涉到意根末那与意识觉知心的交互运作。业习的启动是由意根末那主导而启动，而业种的造作是由意识观察、思惟、造作后，加上意根思心所的同意之后而形成。其实，不管意识如何造业，不管它如何的思惟造作而形成多少的新习气，基本上都是由潜藏于如来藏中的潜意识末那之无始习气种子而来，也就是由无始以来之贪、瞋、痴无明化身而来。这个潜藏于潜意识末那深处之「习气档案」，不断地被意识提取出来实行，然后又不断地「另存新文件」，增强规模，这就是「制约」。制约行为其实很像颜色：只有几个主要颜色，但是你可以混合主要颜色而得出无数混合的颜色。所以，可以有百法、也可以有千法、万法、万万法……。在这法法相依、法法相立的辗转过程中，绝大多数都是染法，是让无明尘垢转趋深厚的来源，这可以从五十一个心所有法里面，善法只有十一个看出来。
所有的制约行为有一个共同的特质，那就是：一种对有机生物体的生存有利的思想或行为，会被永远的保存下来，而那些对生存无用的会自动褪去。换句话说，也就是与「俱生我执」有关的制约讯息将被优先处理，这也是潜意识末那的恒内执我性所主导的，也是众生流转生死的根源。用俗话来说，就是众生爱惜这个生命，爱惜这个能觉能知的「五蕴我」，已经爱到骨子里面去了。而「俱生我执」引生「分别我执」以及「我所执」后，与意识的后生执着相互辗转缠绕不休，形成无量无边的制约行为，并深深的嵌入潜意识末那，形成无量无数的习气种子。这些习气有深有浅、有粗有细，细的障碍成佛，粗的障碍解脱生死。而单单就与粗重的分段生死烦恼相应的习气论之，已是累牍盈篇，罄纸难尽了。这些性障习气，若不寻求根除之法，只有生生世世流转不停，而且大多是每况愈下。
而前面说受制约的习气行为，是由潜藏于潜意识末那深处之「习气档案」，不断地被意识提取出来，又不断地「另存新档」而增长厚实，这是站在现行运作的角度来说；其实真正搜藏这些档案，真正集藏这些习气种子的是如来藏阿赖耶识，故又称其为一切种子心识。这个种子心识虽然含藏了无量无边的有漏与无漏法种，但是祂本身却是如镜面一样，虽能涵摄一切相，却无碍自身本有之清净相，故称为如；因其不生不灭，本自清净，故称为真；并且远离六尘万法，而能随缘应物，如实的显现一切法相的功能，真实无虚；合此真实与不生烦恼的如如，即称为真如，是故真如即是如来藏阿赖耶识体上所显的真实法相，禅宗祖师就常常用真如来指称如来藏阿赖耶识心体，论师们有时也会以真如心、心真如，来称呼祂。这个道理是「臆想真如」者很难想象的，也是探求密意者最难解之处，但因不肯依止善知识真参实究的缘故，只凭经文的思惟研究而想得知，故而自陷吊诡之处而不自知。
他们的疑惑是：阿赖耶识含藏一切染污法种而为其所染，为何又说祂本自清净？既然阿赖耶识还有染污，那一定还有一个截然清净的真如体在其上面。这个问题正是出在没有如实、如理作意观行，再加上没有亲证而产生的问题，也是身我见未完全断除所致。故而无法将时时与六尘万法相应的七转识妄心，与远离六尘万法的真心阿赖耶识区分清楚。犹如盐水中之水，依然是水，它从未因盐溶于其中而改变其水本来的特性；盐水之所以会咸，是来自于氯化钠（NaCl）溶于其中的缘故，水只是提供一个溶解的环境而已，但水的本质并不跟着转变。相同的，阿赖耶识与无明七识共俱而受染污，染污之因是来自于七转识，七转识的染污种子「溶解」于如来藏中；七转识的染污种子是「溶质」，如来藏只是提供染污种子溶解的环境而已，但如来藏的自性并不转变。当如来藏与七转识的染污种子和合运作而名为阿赖耶识，这个时候阿赖耶识仍然具有如来藏自身所有的性用，只是众生为无明染污所覆，故无法了知而已。
这是众生意识思惟的局限性，所以佛学的学术研究，靠着意识对经文的思惟与理解，是无法了知的；只有透过参禅而亲证了，才能现前观照这个事实，才能了知自性清净心的如来藏，竟然有染污；而被染污后的如来藏自身的清净自性，却仍然没有被染污。众生性喜戏论，参禅也是如此，故多陷入「染、净」，「剎那、永恒」……等相对二法里，故透过意识思惟一个截然清净之体，妄自安立为真如；透过意识思惟而浪漫的想要「化剎那为永恒」，故而思惟：将意识心修至一念不生，将此时的意识离念灵知心名为真如心，名为永恒。若从前喻来说，这些人只是在水中的「盐分子」里打滚，尚未尝到水味；因为这些邪见，正是染污纯水的盐巴。
参禅人的如是邪见，也是一种制约；这是受了无始以来邪见、妄想习气种子的制约，故而牢不可破。纵然由于善知识的慈悲，勉强且短暂的将其摄受，却由于无始以来的邪见、妄想习气难以根除，终究还是退转了。而这些邪见、妄想习气，虽是因意识之现行而造作，但是幕后的主使者，依然是潜意识末那；因为它主导着意识的思惟方向，这是任何人、任何状况、任何时候都无法改变的无奈，也是众生流转生死的无奈。除非你能依着二乘见道之理，确实而如理作意的断除我见与三缚结后，不是误会式的断除我见与三缚结，进而断除五下分结与五上分结；或是依着大乘见道后之真心体性而如理作意，故而发起意识的妙观察智，由这个万法根本的实证与现观，才能真正逐步的对治意根末那的劣行，而此时也只是下品妙观察智的少分，以后要走的路还很远呢！
第三节知见立知，即无明本
复杂的制约行为，有着缜密的认知建构（cognitive structure），只有在经过意识心智很审慎的考量后才能得出，经过大脑各个意识皮质区与下面的边缘系统不断的交换讯息，才做出的决定。所有的认知建构，都牵涉到大脑中概念（concept）的形成，与语言、符号系统（symbol system）的建立与储存。每一个众生都有着先天的认知系统，是与生俱来而独一无二的；这个系统程序一开始就设定好了，我们只是依着这个原始的认知系统为基础，经过生存的竞争或环境的焠炼，发展出后天所需的认知系统。而这其中边缘系统的举足轻重，已由正子断层扫瞄（PET）等等之实验现观所证实，此实验现观证实意识皮质区思惟运作之前，与潜意识末那运作有关之边缘系统早已悄悄启动了；所以后天的意识认知，其实背后是受着潜意识末那的左右。虽然在意识与潜意识的交互运作过程里，潜意识末那是居于主导的地位，但是两者的沟通，基本上是双向的，所以是一种有机系统（organic system）的运作，而不是机械系统（mechanic system）的运作；也就是潜意识与意识两个都是能变异的有了知性的主体，能够互相沟通，而不是单向的指令下达。
也因为这样，透过意识对于染法的思惟造作，能让意根末那的无明习气转趋粗重。而透过意识对于无漏净法的正确的思惟、观照，继续熏习净法的过程中劝服了意根末那的习气，修行也才可能会有作用；否则即如外道宿命论，永远无法改变现状。犹如计算机中的主系统程序，它是出厂时所设定好的程序，所有外挂程序不管如何运作，都必须受其控制。会用计算机的人，一定时常注意系统运作顺畅与否，时时侦测外挂程序是否干扰主系统程序运作；甚至可透过外挂程序，来修正原始主系统程序的缺点。不会用计算机的人，一会儿中毒，一会儿当机，一台计算机用不了多久，由于操作习惯不良，背了一大堆垃圾档案还不知道，计算机的运作效能当然是每况愈下了。修行也是这样，你是在为你自己增加更多无明习气的「垃圾档案」？还是在修正意根所主导的这个系统的缺陷，让整部计算机的效能更顺畅？这是所有修行人都不能等闲视之的。
很不幸的，大部分的众生很难脱离无明的缠绕、纠葛，无始以来在主系统程序上背了无量无边的「垃圾档案」而难以自拔。无明烦恼的习气由过去世而来，它在此世周而复始的重现并增强，也终将由如来藏执持而流转至下一世，因为意根不是执持者，而意识不能去到下一世。这些形成无明的缠绕、纠葛，与名言习气中之表义名言和显境名言的交互运作，有着极密切的关系。这个系统在触五尘境和其上面所现之法尘境的同时，早已透过显境名言而了别完成，并兵分二路启动所有相应之行为，包括后来意识所思惟运作之表义名言的种子流注。而这二种名言习气的运作，又影响到有支习气与我执习气的形成，也终将又绕回来影响名言习气自身，并且影响到未来世显境名言的胜劣果报。在此限于篇幅，无法赘述。这意思主要是说：凡是落入意识境界中的人，都无法摆脱各种恶法制约的不断增强。只有远离见闻觉知的知，确实现观见闻觉知的知，正是生死流转的根本，才有可能摆脱恶法习气的制约，渐渐迈向成佛境界；这是一切大乘佛法修行人的首要之务，所以在《楞严经》中佛云：「知见立知，即无明本。」正是此意。
而在意根末那与意识觉知心互动的过程中，如来藏的配合是不能缺席的，也是必备的，而且如来藏才是储存所有档案的海底深处，也是让一切运作的根源。祂虽储存了许多的染、净法种以供七转识提取、使用，但祂本身却从来不贪、不取、不会六尘境，由于祂的清净法性及永离善染两边的法性，才能如明镜一般的容纳一切有漏、无漏之有为法相，也才能显发出其清净、无为的真如法相。当您证取祂后，并转依其本来、自性、清净、涅盘之功德性，就能逐渐深入体会世尊于《楞严经》中所说：「知见无见，斯即涅盘、无漏、真净。」之真义。