第二时是阿含时。世尊于二十一日宣说华严之后，到鹿野苑度五比丘；从这时候开始，以十二年的时间，说三藏教四阿含诸经。所谓的三藏教，以四阿含为经藏，以毘尼为律藏，以阿毘昙为论藏，名为三藏教；而四阿含则是指，《长阿含》、《中阿含》、《增壹阿含》和《杂阿含》。这四阿含已经总述了三乘佛法。《长阿含》以四谛、八正、十二因缘法等二乘法为主，兼破六十二种外道见。《中阿含》与《长阿含》所说大致相同，这两大经也兼说世界悉檀、为人悉檀、对治悉檀，其中隐含着第一义悉檀，但由于隐覆难知，所以一般未具法眼者则无法了知。《杂阿含》则多述及第一义谛，虽然偏说二乘菩提，但于其中仍然处处隐覆密意，说有如来藏涅槃本际中道心，也在十二因缘中说有缘于五阴之识存在。《增壹阿含》则开显大乘菩萨道之如来藏法门。
四阿含诸经为佛教之根本，也是 世尊在初转法轮时期所说，摄属于五时三教之声闻教；所说法义虽然是为了方便接引畏惧生死之声闻种性众生，但却已处处隐覆密意而说大乘唯识、般若；但由于般若及唯识之意涵极为隐密，不容易为人所知、所触，又因为二乘学人多急于了生脱死求证解脱，所以往往会忽略了其中所隐含的密意。一直到成就了俱解脱果，自知不受后有之后，于解脱道之梵行已立、所作已办，在未舍寿前便会独自思惟：阿罗汉入灭以后，是有、是无，是有无、是非有无？由于这样思惟的缘故，就知道有涅槃本际不灭，离我，离人，离受想行，寂然无想，非三界有，亦非断灭无，因此而说为中道。但是，阿罗汉仍然未知、未证、未领受涅槃本际第八识如来藏，所以不能发起般若智慧，当然就无法入于中道实相之中。世尊为了度化阿罗汉们回小向大，继续进修佛菩提道，早已预埋伏笔于四阿含之中，以待后时缘熟而说胜妙之成佛法道。