宗喀巴于《菩提道次第广论》的冠首，先说明自身和“空行母”、“空行佛母”的密不可分的关系，来作为伏笔；紧接著提到学人必须将“上师”当作是“佛”，又应该以“妻子”、“命根”，来奉献服侍自己的“三昧师”以示真心向道，并舍弃正统佛教的戒律，改以藏传佛教独设的“三昧耶戒”作为学密者的根本戒律，以及真正的依归之处。再来则以“一人”或“双修”乐空双运，明说世间人会觉得难以接受这两者之间的差异，然而藏传佛教的“智者”却能了解教法是有“开遮”上的不同；又说女阴“智慧”和男阳“方便”不可须臾分离，智慧明妃与方便勇父必须常常结合而“止观双运”，表示双身修法并不违背藏传佛教戒律。其中还有另一个清楚明白的指示：《菩提道次第广论》应以《密宗道次第广论》为依止，菩提道只是密宗道的前行准备的方便学习的功课。
宗喀巴极力阐扬密宗，因此在《菩提道次第广论》的书末，清楚明白地提出藏传佛教所引以为傲的“灌顶”：如何于灌顶之中，产生“天身”来实践“天瑜伽”；在乐空双运的相应方面，要学人特别注意“三昧耶相”─“骨鏁”、“骨杖”，在尸骨以及其所制成的法器中寻找真谛。
其中又点出六、七世纪才崛起的“密咒大乘”来和“波罗蜜大乘”作为相对，最后则说明集密教大成的“金刚乘”的殊胜，是超越佛教的教主 释迦牟尼佛所说的“大、小乘法”；以上《菩提道次第广论》的伏笔，强烈突显出所谓藏传佛教的密宗道双身法，是和 释迦牟尼佛所宣示开演的佛教迥然不同，与 佛陀的教理没有任何的血缘关系【以下为小注→ 不能说使用佛教的名相就是佛教，例如：当 释迦牟尼佛宣扬佛教的义理时，和当时印度大陆所流传的教法完全大相径庭，而 佛陀则将之前的各哲学、修学、修行都说是外道法，要大家来归依三宝，然而在这其中，佛陀使用了当时印度所认为的修行的名相：涅槃、阿罗汉、如来、梵、有、三界、轮回、业等等，祂却很清楚表示，那些口说这些名相者实际上都不清楚这些名相的真正意义，只有祂所说的佛法才是真正的正理，并且加以一一阐释其中的义理意趣差别。反观密教崛起之后，却是回归印度教的意识心我见的常见外道，却还要恋栈借用佛教的种种名相，可是对于其中的义理却无法宣说，却还要大言不惭说自己还是佛教！如果这样单纯使用佛教的名相的密教，也可以称之为“佛教”，那 释迦牟尼佛还没有示现于人间之前，这人间不就是已经有外道婆罗门、沙门所宣扬的“佛教”了吗？难道这道理可以讲得通吗？所以只有名相，不能说是那名相表征的教理，更何况，密教从来没有真正能够宣说佛教教义以及名相之人，如何说有任何一点一分的佛教的内涵呢？又如世间的一贯道也大量使用佛教的名相，难道这就是佛教吗？所以佛教名相会被这些别有居心的人来使用，无非是要来利用佛教的招牌来吸取佛教的资源，如同世间的商标仿冒永远层出不穷。←本小注到此结束】。
《菩提道次第广论》里面的这些“语句”，从“空行母”、“妻子”、“三昧师”、“三昧耶戒”，到“双修”、“止观双运”、“灌顶”、“天瑜伽”，这些所要表达的真正意涵，必须回归到藏传佛教的核心经典《密宗道次第广论》，才能将其中所隐含的真正意旨，予以清楚详尽的解密；才能令藏传佛教的学人豁然开朗，前后呼应，而了解整个密教、密宗、藏传佛教所传承的“无上瑜伽”，以及所教示“即身成佛”的秘密奥义。
然而，所谓的密宗道的这些奥义，却和 释迦牟尼佛所传的三乘菩提的佛教的根本义理是截然不同的，而且大异其趣！这些被藏传佛教夸耀为超越 释迦牟尼佛的教理而却非 释迦牟尼佛所传授的“即身成佛”奥义，正是宗喀巴、达赖喇嘛、日常法师所最殷切期盼学人深入了解、修学的密宗道。
说白了，宗喀巴的意思是：《菩提道次第广论》是密宗道的前行方便，是为了修学密宗道而精心施设的，要到了《密宗道次第广论》才能发显藏传佛教所要教导的真义。宗喀巴将佛教 释迦牟尼佛所说的佛法，归纳为《菩提道次第广论》，然而他对于 释迦牟尼佛“三乘菩提”的深广教义是不能领略受用的，并且因为不能如实理解，反而是大大地有意见！甚至 释迦牟尼佛所得证的“佛菩提道”的究竟无上殊胜的佛地果位，对于宗喀巴的密教来说，还是不够殊胜。因此他继续撰写《密宗道次第广论》，将“密宗”放在“佛教”之上，说“密宗道”胜过 佛陀的“菩提道”，认为“密宗”胜过“佛教”，是真正究竟无上之法！
但是如果直接拿“密宗”和“佛教”来评比，会直接冒犯了佛教徒的大忌讳，也将显示“密宗”是“佛教”之外的信仰与宗教；因此历史上的密宗弘扬者就说“佛教”是“显教”、“显宗”；而“密教高超胜过佛教”的说法，就会变成“密教胜过显教”或“密宗胜过显宗”，而“显密”两者都同样是佛教，就不会令人觉得突兀而产生疑窦【以下为小注→ 这样的说法是唐朝翻译当时在印度崛起的密续典籍的一行、不空等人，他们所造成的结果，从此“佛教”就变成了“显教”，相对于密教而存在；最早的“显教”的意思都是“显示教理”，“显”是动词的意思，然而到了密教别有居心的人翻译密续之后，“显教”就变成了专指正统佛教的专有名词，这些的证据还在今日的大正藏三藏十二部经教里面，藉由电脑以及中华电子佛典CBETA的经文语汇搜寻系统的协助，可以证实“显教”的意义在唐朝遭受到扭曲。←本小注到此结束】；如此说久了，以讹传讹，积非成是，以至于后来的佛教文献，后来的佛教修学者，就很自然接受了“显、密”并立的说法，以为佛教一开始就有“显密”两宗的区别，以为这“显密之说”是本师 释迦牟尼佛的说法，如此便将原本子虚乌有的“密教”纳入到佛教的体系来。
有人因此被密教的教义所吸收，成为忠实的信徒，也对于密教以及现今的藏传佛教所说的一切深信不疑，死心塌地信受密教所宣称的双身法所证的佛果才是真正的报身佛，显教所证的佛果只是化身佛，使得“佛教”被彻底贬抑而成为“谭崔密教”的附庸。这群不知底细的学佛者便信以为真，跟随弘扬密宗的上师开始崇密而抑显，走入意识境界的外道法中。如果你对于以上的说法，一时不能接受而感到强烈的质疑，觉得笔者是不是无的放矢？不实的指控？那先请稍安勿躁，冷静一下，不用急著下定论，我们再继续往下来看看更多的证据。
引人侧目的“即身成佛”
密教─今日的藏传佛教所最自鸣得意的殊胜教法，就是“即身成佛”，自认为远远胜过佛教所弘传的三大阿僧只劫辛勤修学才能成就的佛果；一般藏传佛教、密教最普遍流传的说法是：佛教（显教）太浅【以下为小注→ 实际是并没有什么显密的说法，在印度半岛大陆块所发生的历史事实是：密教将佛教长期蚕食而逐渐消灭了。←本小注到此结束】，必须等到佛教（显教）修学好了，才能修学密教（印度的谭崔无上瑜伽）而即身成佛。
面对这样的说法，我们先来想想：在这浩瀚的宇宙星际之间，最渴望每位众生都能马上成佛的人是谁呢？毋庸置疑，在我们这个世界就是本师 释迦牟尼佛，祂慈悲的分量超越其他一切众生的渴望之总和！然而最最慈悲的 佛陀却从来没有在任何一部经论中，提出过密教的“即身成佛”的理论。
释迦牟尼佛证得无上正等正觉，也就是一切无量无边的宇宙中的一切万法都无所不知，无人能出其上，乃至过去现在与未来的一切诸法，无不了知；这样证得无上正等正觉的 佛陀，在密教的教义里面，竟然摇身一变，成为一位“不究竟了知”的佛？不知还有一个“即身成佛”的道理，不了解这个究竟法，请问密教这样的遐想可以说是符合“佛”的“无上正等正觉”的实质吗？
当密教自称远高于显教佛的报身佛证量，竟然连显教佛菩提法中的第七住位菩萨所证的第八识如来藏心的所在都还不知道，却公开宣称 佛陀在第三转法轮所说的第八识的法不究竟，将 佛陀珍贵的大乘佛菩提法随意践踏；又直接颠覆大乘佛菩提法，公开贬抑第八识而说祂只是意识的细分，主张意识才是大乘法的真心，如是彰显密教无法忘情于常见外道的恶见；再者，连小乘声闻菩提中所说的意识因缘生、因缘灭的道理都不能接受，还公开主张意识心是常住不坏，如此破坏佛教的正见，而与常见外道合流，以致于无法实证小乘声闻初果。
由此事实可知，密教的教义与行门都是远离三乘菩提法，建立在妄想上面，自始至终都不曾理解过 释迦佛的“显教”菩提道之正理，反而却于妄想中来作种种意识心的法、变相，以如此的施设，贬抑 佛陀的三乘菩提，当然永远也不可能入门而有所任何的亲证。所以，从古至今，密教的诸忠实信众无法亲证佛教的大乘第一义谛，也无法亲证佛教显示于小乘的俗谛，所以密教没有任何的菩提法可得可证，这就是因为远离 佛陀的教诲所致。
在这种情况下，密教的典籍密续竟然说，佛教中的一切无始以来的诸佛如来都不知道这个“即身成佛”法，不知道这个密教的“无上瑜伽”的妙乐之法【以下为小注→ 在密续典籍之中，如《佛说一切如来金刚三业最上秘密大教王经》卷六：“尔时金刚手菩萨告彼一切如来及诸菩萨言：‘诸大士！当知此法甚深秘密希有！过去过不可较、不可计微尘数等劫，从燃灯如来应供正等正觉出世已后，乃至迦叶如来出现世间，是等诸佛皆不宣说此秘密法。何以故？彼时众生无信解故。于此秘密功德句义不能了知，以是义故，于彼时中，诸佛如来皆不宣说最上大乘秘密集会诸佛菩提法，乃至刹那罗嚩谟呼栗多，不得暂闻此秘密法。设于无数殑伽沙等劫中，勤劳苦切求佛菩提而不能得，由是于此大秘密法不得闻故。是故诸佛当知此秘密法甚为难得！’” (CBETA, T18, no. 885, p. 504, c18-29)这些密续的逻辑都是胡说不通，将如来称为大士，以训勉的口气对著一切如来说话，要“诸佛当知”，所以说密续中能持双身法的菩萨，就不会将佛教的一切如来放在眼中，因此随意编写著作，将无上正等正觉的十方一切如来予以贬抑，比喻如来不了解这男女双修之法，必须重新修学！所以最后修学完毕之后，《佛说一切如来金刚三业最上秘密大教王经》卷七：“是时，诸佛皆悉安住一切如来上首明妃秘密行已，作是赞言：‘希有世尊！希有善逝！此如是名无贪文字句善往佛菩提道！”(CBETA, T18, no. 885, p. 505, c8-10)最后在密教的如来的教导之下，每一尊已经证得“无上乘”（一佛乘）的“无上正等正觉”的一切如来竟然都需要重新来“了解”而且“安住”于与明妃的男女淫乐之中，又说这样是无贪，善住！？请问受过三归依的佛子的您，您可以信受这样荒诞不经的经典吗？您可以叫这样的经典是佛经吗？←本小注到此结束】！？还必需要密教像是在钩召鬼神一样地随意钩召十方如来，将一切过去久远无量劫来已经成就佛道的佛教如来都召唤过来，然后再请密教的“大日如来”来传授这个双身法！最后还要十方一切如来依教奉行！也就是说，如果有哪一尊佛没有按照密教的意旨来修男女双身法，密教的“大日如来”就会来教化祂！？看到这里，你是不是了解了为何中土的高僧会完全不苟同密教密续的典籍？因为密教只顾著贬抑佛教，却连最根本为何称为“无上正等正觉”的知见都付之阙如，完全不了解诸佛如来是三世过去、现在、未来一切诸法究竟了知，而且一切如来都已经亲证一切诸法的实际内涵，已经没有一个法可以称为是“未知”、“未学”，一切如来都已经彻底了知，所以称为“佛”。然而，密教人的心里头只想要颠覆佛教，因此在伪造佛经的时候，完全罔顾这最根本的常识与事实！
也就是说，打从一开始，天竺密教和今日的藏传佛教就不安好心，他们所要的“即身成就”的“佛”，和佛教所成就的“佛”，两者是完全不同的。而且密教弘法人确实是从来不曾把佛教的佛当作是佛，也不曾把佛教的佛放在眼内，在不曾实证佛教三乘菩提中的任何一种菩提的情况下，密教祖师编造的密续，其中所记载的法会中，密教的如来睥睨佛教的十方一切诸佛，不可一世，好像是在教导小学生一样，让诸佛“乖乖”在那里排排坐，而且还很大方来教导这密教的“大乐”之法，要让早就证得不可思议境界的十方一切如来，回到三大阿僧只劫之前的境界，下堕欲界的最重的贪欲之中，而在一切诸佛在证得佛果之后，还要经过无量无边不可说不可说刹土微尘数劫之后，“终于有幸遇到密教的大日如来”，“终于能享受淫欲大乐”，“终于能够依教奉行”。请问有智慧的您，冷静思考一下，这密续经典所说的可能是真正的诸佛菩萨所说的话吗？！可能是诸佛菩萨要来告诉您的佛法吗？
对于这样的密续编造者，只能说他们是完全不懂三界有的法，乃至于连世间法中的禅定原理都不了解也无力亲证的可怜人，因此他们正是一群盲目于追求欲界男女之爱之人，从来没有思索过如何从欲界爱中求取少分的解脱，如此之人却处心积虑来贬抑真正解脱于三界爱而无住于三界法，却能广度一切有情的无上法王尊─如来，这也真的是极尽侮辱污蔑佛教之能事！