真言密教总结陀罗尼以来的传统，建立密教的教义体系，规范密法组织体系，事理并重，定慧兼修。其教义概括为三句义：以菩提心为因，大悲为根，方便为究竟。因句为其本体论，认为清净平等的菩提心为成佛内在根据，佛心、自心平等无二，如实知自心，即是一切智智。根句为其实践论，修行大悲胎藏曼荼罗法，即为成佛之基本条件和途径。大悲胎藏曼荼罗以五方佛为核心，构成中台八叶十三院。究竟句为其方法论，即以三密为成佛之捷径、趣入究竟之方便，以手结印契为身密，口诵真言为语密，心作观想为意密，三密相应，平等成佛。三密是真言乘在以往口诵陀罗尼、手结印契的基础上，增加心作观想之法，形成密教完备的修行方法。1
他在另一本书中，也提出同样看法：
因根究竟三句，即菩提心为因，大悲为根，方便为究竟，这是《大日经》所说的修行理论，是它的实践论。菩提心为因，是讲修行成佛的可能性，亦即内在根据和外在原因。大悲为根，是讲修行成佛的条件和基础。方便为究竟，是讲修行成佛的方法和结果。这三句也称为因行果三句。2
综合上面所说，由于《大日经》的出现，提出菩提心为因，悲为根本，方便为究竟之三句，被学术界学者及密教行者视为整部《大日经》的中心思想，认为《大日经》七卷所说的种种内涵，包括识大的菩提心、曼荼罗仪轨、三密修行方法等等在内，都没有超过此三句之范畴，并由此建立了真言密教的本体论、实践论、方法论等体系。以此缘故，多位学者都认为《大日经》的毘卢遮那佛在密教体系内建立了独尊的地位，如以下第一位学者所说：
从原始佛教以降，真言密法虽已杂说于佛教中，但那是片断的杂部密教而已，并不是有系统、有组织的正纯秘密佛教或独立的真言密教。杂部密教与佛教根本义并无直接的关涉，只是拥护佛道修行者，而为消除种种障难所附说的真言密法而已，这，完全是佛教的附属物、寄生物的存在而已。然而，从此一转，真言密法乃变成佛教特有的东西，真言陀罗尼乃能铨显诸法实相。除此真言密法之外，乃无佛教根本义，唯此真言密法，才是如来的秘藏，才是佛教的真髓，于是，正纯的秘密佛教，始见独立。杂部密教乃以历史上的释尊为中心，反之，正纯密教的重点，是在大毘庐遮那（Mahavairocana），即：大日如来，而以大日如来为正纯真言密法的说法者，这就是发挥了它的独立性的。3
这位学者上面所说已经清楚表明二件事：第一，最原始的陀罗尼密教本来就不是佛教，乃是依附佛门的外道，所以这位学者才会说杂部密教完全是佛教的附属物、寄生物。更不用说从最原始密教的陀罗尼密教以降，陆续发展出来的持明密教、真言密教、瑜伽密教、无上瑜伽密教，当然也根本都不是佛教，乃是混入佛门的外道法，却窃取佛法名相来伪装成佛法，以此来误导众生，让众生误信密教是佛门的一支、大乘的一支。第二，由于《大日经》的出现，提出菩提心为因，悲为根本，方便为究竟之三句说法，因而确定了密教的毘卢遮那佛独尊的地位，即如第二位学者所说：
如果，我们批评杂密阶段的后期发展，使密宗趋向印度当时的民俗信仰，大日经确有匡正扶倾的关键作用；如果，我们批评杂密阶段，密宗过于重视仪式、事相，并趋于形式化、神秘化，大日经则为形式化的现象，注释了内涵，为神秘化的现象，解释了原因，这些都是大日经的外在成就。
更重要的是，大日经完备了密宗的神只系统。他除了继承持明密典的佛部、莲花部、金刚部三部法外，更组织成了五方佛，在大日经之前的所有显、密佛教经典，都只说四方佛，那就是：东方宝幢佛，南方华开敷佛，西方无量寿佛，北方不动佛。
其中，虽或有经书，以天鼓雷音为北方佛 ……等，惟这些佛名，均出自佛典，清楚明白，但大日经中，却加上了毗卢遮那佛为中央之佛，佛界以此佛为至尊。
大日经更在宗教内涵上，确立了毗卢遮那佛独尊无二的地位，只有毗卢遮那佛为法身佛，其他诸佛，均为应化加持身，也因此立论，毗卢遮那佛乃成为密宗的教主。4
亦如第三位学者所说：
真言密教确立大毗庐遮那佛的独尊地位，以大日如来为法身佛，其他诸佛为应化加持身，乃至一切诸佛境界以及圣众无非大日加持，并以大日如来为密教教主，以金刚手承佛付嘱传扬密教。5
而这位学者在另外一本书也说到：从《大日经》开始，密教以毘庐遮那佛为最之佛，为本宗教主。6
综合以上三位学者所说：一者，真言密教行者在《大日经》提出了以菩提心为因的本体论、悲为根本的实践论、三密相应方便为究竟的方法论，因而确立了密教的毘卢遮那佛独尊不可动摇的地位，这也是目前学术界所公认及接受的看法。二者，密教行者普遍认为毘卢遮那佛是法身佛，其他诸佛为应化身佛，以此来矮化其他诸佛、误导众生，像这样的作法实在非常不应该，可谓居心叵测，心地非常不善；殊不知诸佛皆有法、报、化三身，佛佛道同、无有高下。至于《大日经》所说的菩提心到底是不是 释迦世尊所开示的真心，大悲胎藏界曼荼罗将真心加以物化、相化成曼荼罗的说法到底如不如法，以及用三密来修行的方法到底正不正确，这些问题都将于后面分节一一加以说明，在此先不赘叙。
又，持明密教在南印度发展的瑜伽密教，是在真言密教的基础下而形成的，主要以崇拜金刚神 7、编纂《金刚顶经》而组成的金刚密法，所以瑜伽密教又称为金刚乘，以佛部、金刚部、宝生部、莲花部、不空成就部为主，形成以三十七尊佛菩萨之五佛（中央大日如来、东方阿閦佛、南方宝生佛、西方无量寿佛、北方不空成就佛）、四波罗蜜、十六大菩萨、内外八供养、四摄菩萨的金刚界，转五佛为五智、观五相成身而现证菩提、现证成佛。亦即瑜伽密教行者如同真言密教行者一样，认为不需要经过三大无量数劫的修行，即可以今世父母所生身来成就佛身；其于修行方面强调三密兼修，但偏重在瑜伽观想之意密上，这也是其被称为瑜伽密教的原因之一。由于瑜伽密教特别强调金刚神等于诸佛菩萨，将所有的名相均冠上金刚二字，所以称密法为金刚界，称阿闍梨为金刚阿闍梨，称弟子为金刚弟子，称三昧为金刚三昧，称瑜伽为金刚瑜伽，称本宗为金刚宗等等。
至于瑜伽密教所尊崇依循的《金刚顶经》的出现，密教行者多主张是 龙树菩萨（或 龙猛菩萨）开铁塔而得，然而有多位学者认为那是后人伪托所致，如第一位学者描述如下：
关于《金刚顶经》形成的时间，玄奘在《西域记》中透露了一个很重要的信息：在他游历该地时，金刚乘正在酝酿之中。玄奘记载驮那羯磔迦国城南山岩为执金刚神之所，清辨受执金刚之秘方，至诚持诵《执金刚陀罗尼》，经三年才打开山岩。这就是说七世纪三○年代当地流行金刚手的信仰，南山岩即是当地崇拜金刚手的密教中心，所谓金刚神之所。崇信金刚手，且有《执金刚陀罗尼》流行，则预示著金刚乘正在酝酿和兴起之中，金刚乘是由信仰金刚神为起源的，金刚乘将本宗及其经典、密法均名之以金刚。玄奘之后不久，金刚神的信仰可能在曾荒芜一时的东寺形成新的中心，进而有大德在东寺集诸《执金刚陀罗尼》类经典，总结一个时期来的密教，编纂出最早的《金刚顶经》 ─《真实摄经》，这正好在七世纪中叶。从《金刚顶经》的传承来看，金刚智之前可作为历史人物的只有龙树和龙智，龙树，或作龙猛，即大乘中观派著名学者，此作金刚乘始祖显系伪托。龙智生活的年代在七世纪中至八世纪初，金刚智在三十一岁时（ 701年）从其学习金刚界密法，受得《金刚顶经》本，故龙智的盛年在七世纪后半期。如果他是个长寿者，其盛年也超不过七世纪中叶。龙智在当时是个很有名的密教大阿闍梨，因而出现了有关他的种种神化的传闻，说他从龙树受法，说他活了七百岁，甚至到八世纪末还传说他仍然健在等等。不过这倒表明那个编纂《金刚顶经》的某大德可能就是龙智。如果在他之前还有一个不知名的大德，或者就是与他同时的龙树或龙猛编纂，其时间也不会早过七世纪中叶，因为在玄奘游历之时尚未听说有《金刚顶经》之事。
传说某大德在铁塔边感得《毗卢遮那念诵法要》，但此《法要》与《大日经供养法》为同本，均有汉译。按不可思议《大日经供养法疏》的记载，此供养法是由善无畏在北印度乾陀罗国的金粟王塔边感得的，意即善无畏所造。则知南天铁塔下感应说显系移善无畏《供养法》的传说而附会之。不过从金刚智译的几部金刚乘的经典看，《金刚顶经》的编纂者确实通达《大日经》的。
《金刚顶经》受到《大日经》的影响，尤其它的菩提心说继承了《大日经》的思想，《金刚顶念诵法》中还引用了不少《大日经》的话（当然也不排除汉译者窜入的可能）。《金刚顶经》组织其金刚界密法，也在很大程度上受到了胎藏法的启发和影响，而将毗卢遮那佛作为法身佛和教主，更是由真言乘而来。8
从上述这位学者的考证结果可知：有关 龙树菩萨（或 龙猛菩萨）开铁塔而得《金刚顶经》之事乃是后人所伪托，不是 龙树菩萨所为，乃至于《金刚顶经》也是后人所伪造出来的。因为 玄奘菩萨游历驮那羯磔迦国（即大安达逻国，在南印度境内）时，并未听说有《金刚顶经》之事，而南天塔下感应说很显然地是移自善无畏《供养法》的传说而加以附会，根本没有南天塔感应之事，也没有开南天塔得《金刚顶经》之事，那都只是当时密教行者为了拉抬己宗所作的伪托及穿凿附会的荒唐事。
又第二位是身为出家人的学者，他对 龙树菩萨是否为密教的开山祖，也抱持著怀疑的态度，他说：
根据密教的传说，密教是由大日如来（摩诃毘卢遮那 Mahavairocana），传金刚萨埵（ Vajrasattva，又名金刚手、执金刚、持金刚），金刚萨埵是大日如来的内眷属，是诸执金刚的上首，处于金刚法界宫，亲蒙大日如来的教勅而结诵传持密乘，成为付授密法的第二祖。释尊灭后八百年，有龙树（龙猛）出世，开南天铁塔而亲向金刚萨埵面受密乘，为第三祖。龙树传其弟子龙智，为第四祖。再过数百年，龙智七百岁，传付第五祖金刚智。金刚智便是唐玄宗开元年间（西元七一二～七四一年）来华的开元三大士之一。
然经历史的考证，由龙树开南天铁塔，是密教学者附会龙树入龙宫得大乘方等深奥经典的传说，托古自重。龙宫何在？据考察，北印有土邦称为龙族，或近之。龙树于雪山及龙宫得大乘经而到南印弘通，此为密教由北印的瑜伽师为根源而融会东南印度达罗维荼族的信仰（为印度教成分之一）。密教的夜叉（ Yakkha），原即为达罗维荼族的民族群神，由夜叉的勇健之姿而演为密教的忿怒尊，由夜叉尼而有密教的空行母（佛母）或明妃，乃为一例。9
以上这位出家学者已经很清楚点出：根据历史考证，龙树菩萨开南天铁塔之事，乃是密教学者附会 龙树菩萨入龙宫得大乘经典之传说，藉此来拉抬高推己宗，这是非常不诚实的作法。而第三位学者对此同样也是抱持怀疑的态度，他说：
夫释尊已不说密教，大日、金萨亦为假设法人，则不得不以龙猛为密教开祖—两部大经作者。所谓传持八祖，除（去）大日、金萨者，乃为之耳。虽然，熟按龙猛传记，未曾见有应为密教开祖之事迹。10
这位学者直接说明：根本没有 龙树菩萨（或 龙猛菩萨）为密教开山祖之事迹可言。这位学者在同一本书中，更是斩钉截铁地说：然龙树述作中，未曾见有说密教者。11
经由上述引证可知：密教行者主张 龙树菩萨是密教开山祖师，实乃假借 龙树菩萨之盛名所说的不如实语，由此衍生 龙树菩萨开铁塔得《金刚顶经》之事，自然也是后人所伪托，乃至《金刚顶经》也是后人所伪造出来的密续，却谎称是 龙树菩萨开铁塔而得，藉以拉抬己宗的地位。像这样虚假的说法，不仅是不诚实语，而且误导众生极为严重，这不但违背佛教不妄语的教诫，更造下诬谤三宝的重大恶业，其未来长劫的三涂果报真的很难以想像。像密教行者这样的作法，乃是非常愚痴的行为，不仅害了自己，而且也害了别人。
又《金刚顶经》深受《大日经》影响，是以《大日经》为基础而发展出来的瑜伽密教之密续，如有一位学者认为《金刚顶经》乃是总成其他派别之立论而成，他说：
但是，以白芥子七粒，打开塔门的叙述，我们一定要知道，其功力不是人，更不是白、芥子，而是三密中，语密的神通，在金刚顶经出世前后，这类的神通故事很多，像七世纪三、四十年代，唐三藏赴天竺取经，途经西域时，记述驮那羯磔迦国城南山岩，为执金刚神的居所，为求授执金刚的密法神通，经至诚持颂执金刚陀罗尼，历三年之久，终将山岩开启，而得秘法 ……；以此言，金刚顶经的出世，仍有其历史渊源与环境因素，因为，在这本经典〔《金刚顶经》〕出世前的四、五十年，也就是玄奘赴天竺求经的阶段，就已经有金刚手、金刚身、金刚神的崇信派别，在印度、西域各地流传，金刚顶经的出世，则是将这些派别的立论，去其虚妄，而总其成。12
这位学者已经很清楚表示：《金刚顶经》的出现，乃是总成当时各派别立论而成；显然《金刚顶经》也如《大日经》一样，是假托神秘之事以拉抬自宗，而由后人总其各派立论所伪造的密续，本质就是伪经，却妄称是真经。
又真言密教承袭晚期持明密教，持明密教所依为《苏悉地经》，真言密教之密续则以《大日经》为主，而瑜伽密教所依之《金刚顶经》又深受真言密教《大日经》的影响，因此，《苏悉地经》、《大日经》及《金刚顶经》这三部密续，不仅彼此间有很大的关联性，而且后来也成为密教最重要、最基本的密续。也因为这样的关系与演变，使得密教的地位，在历史上得以正式确立。真言密教及其以后的密教被称为纯密、纯粹密教、正纯密教，真言密教之前则称为杂密，也就是原始密教、早期密教，或称不纯、没有系统的密教，如以下这位学者的描述：
在这秘密佛教的摇篮时代，与佛教经典中所说的根本教义无直接关系，只为守护、消灾等所杂说的片断和寄生的密教，古来把它叫做杂部密教，反而，以真言密法为中心而组织体系，完全独立而大成为秘密佛教的，叫做正纯密教。13
这位学者再次清楚点出：密教从最原始的陀罗尼密教开始，就与佛教无关。更何况是之后依附陀罗尼密教而发展出来的持明密教、真言密教、瑜伽密教、无上瑜伽密教，当然也只是鱼目混珠而已。这已经很清楚告诉大众：密教自始至终本来就不是佛教的一支，却被刻意渗入佛门中，谎称为佛教的一支、大乘的一支。关于这部分，笔者后续将再一一为大众证实。
又真言密教以及瑜伽密教，于公元八世纪初分别传入中国。唐玄宗开元四年（公元 716年），真言密教行者善无畏自印度抵达长安开始传胎藏教法，一行为其归依弟子。善无畏与一行共同翻译《大日经》共七卷，一行则注解《大日经》为《大日经疏》，共二十卷；这部《大日经疏》后来成为密教行者、学者研究《大日经》最好的参考书籍。虽然善无畏所持的教法是《大日经》及其胎藏密法，但是他也持《苏悉地经》等晚期持明密法，曾以持明密法来补充真言密教的胎藏法；所以善无畏所传的胎藏法中，含有持明密法在内，一行也在善无畏所传的胎藏法中增添了持明密法。开元八年（公元 720年），瑜伽密教行者金刚智从印度抵长安，传瑜伽教法，一行也受其教法，著有《金刚顶义诀》，后来被收录于日本的《续藏经》14中。由于善无畏、金刚智先后入唐，翻译密教之密续与传授密法，一行传承真言密教与瑜伽密教的法义，建立密宗的体系，中国密教之唐密因此而形成。由于密教行者为了迎合以唐玄宗为代表的复兴需要，及广宣密续护国思想，融汇了中国传统阴阳五行和道家成仙、符咒、房中术 15以及民俗信仰等，来附会当时儒、释、道交融互汇的趋势，并且强化密教的神秘性与崇高性，获得帝室的拥护，以致发展迅速，因而盛行于朝野上下。
唐开元期间，不空从北印度来中国，受学于金刚智，成为金刚智弟子，并且在唐朝宗室扶持之下，于长安（今西安市）的大兴善寺 16译出大量密续而弘扬密法。不空的密法以瑜伽密法为主，他将持明密法（尤其是真言密教《大日经》的思想）以及陀罗尼密教的思想纳入体系，并提出即身成佛的说法：若人求佛慧，通达菩提心，父母所生身，速证大觉位17、若与三密门相应，不暇多劫难行苦行，能转定业，速疾、易成、安乐成佛速疾之道18。他们认为只要与身密、语密、意密之三密相应，不须经过三大无量数劫修行，即可于现世以父母所生之身即身成佛；后来善无畏、金刚智、不空三人，则被人称为开元三大士。由于密教在唐朝盛行，在社会上造成很大的影响，譬如唐宪宗、唐懿宗于法门寺 19迎佛骨一事即与密教有关。后来唐武宗崇尚道术，因而灭掉当时的密教，成为历史上三武一宗灭佛 20 事件之一。当时的唐密，经历唐武宗的法难由盛转衰，之后再经历五代十国的战乱，许多宗派的典籍经疏、仪轨、法器等被销毁一空，使得过分依赖典籍、法器和宗教仪式的密教在中国北方几乎销声匿迹，仅剩下南方四川等偏远地区得以苟延残喘。
又陀罗尼密教、持明密教当时也在朝鲜半岛、日本有所发展。在朝鲜半岛形成由明朗所创的神印宗（又名文豆娄宗），属于善无畏、金刚智以前的杂密；以及由惠通所创的总持宗（又名真言宗），属于善无畏一派的密教，这二派一直流传到后代。日本密教则是藉由奈良时代的空海于公元 816年创立真言宗，以东寺为发源地，故称为东密，东密体系于空海时期已大致完备；另有天台密教（简称台密，亦称理秘密教），为同时期入唐留学僧人最澄所创，是结合了天台宗与密教的思想而创立的体系；这二个瑜伽密教体系后来都盛行于日本，一直到现在。（待续）
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1参 3，页 4。〔参考书籍 3：吕建福，《中国密教史（一）密教的起源与早期传播》，空庭书苑有限公司（台北县），2010/2初版 1刷。〕
2参 2，页 305。〔参考书籍 2：吕建福释译，星云大师总监修，佛光山宗务委员会印行，《大日经》，佛光文化事业有限公司（高雄县）， 2009/11再版 5刷。〕
3参 43，页 31。［参考书籍 43：（日本）栂尾祥云著，张曼涛（编），〈密教史〉，《密宗教史（密宗专集之二）》，大乘文化出版社（台北市）， 1979/3初版 1刷。］
4参 57，页 30-31。［参考书籍 57：邱福海，《即身成佛的简捷法门：密宗的形成与发展》，淑馨出版社（台北市）， 1997/12初版 1刷。］ 5参 3，页 4。
6参 2，页 238。
7金刚神，为执金刚神的简称，又名为持金刚、金刚手、金刚夜叉、金刚力士、大力金刚神、金刚力鬼神、密迹金刚。密教行者认为金刚神就是诸佛菩萨的化身。
8参 3，页 68-69。
9参 48，页 287。［参考书籍 48：圣严法师，《印度佛教史》，法鼓文化事业股份有限公司（台北市），1997/11三版 6刷。］
10参 46，页 14-15。［参考书籍 46：（日本）大村西崖著，吴信如编，《密教发达志》上册，中国书籍出版社（北京市），2013/1初版 1刷。］ 11参 46，页 17。
12参 57，页 37。
13参 43，页 25。
14《续藏经》，又称《卍续藏经》、《大日本续藏经》、《卍续藏》。日本明治三十八年至大正元年（公元 1905～1912）间，前田慧云、中野达慧等编集收录《大日本校订藏经》（卍大藏经）所未收者，而成此续藏，由京都藏经书院刊行。 网址：
https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%8D%E7%BB%AD%E8% 97%8F%E7%BB%8F（撷取日期：2013/12/14）
15房中术，又名房术、房中、房内、房室养生、黄赤之术或男女合气之术。
16【考古研究表明，唐代都城长安地区是中国佛教重要宗派密宗的发源地，西安市的大兴善寺、青龙寺和扶风县的法门寺是唐密的核心。】参 58，页 14。〔参考书籍 58：夏广兴，《密教传持与唐代社会》，上海人民出版社（上海市），2008/4初版 1刷。〕
17《金刚顶瑜伽中发阿耨多罗三藐三菩提心论》，《大正藏》册 32，页 574，下 21-22。
18《总释陀罗尼义赞》，《大正藏》册 18，页 898，中 25-27。
19【位于西安市西一百二十公里的法门寺，于 1987年 4月在其真身宝塔下发现了地宫。经专家考证，法门寺地宫即是唐密曼荼罗（坛场），这是唐代最具代表性的唐密道坛，内藏密教法物昭示了法门寺居于唐密最高法界的历史地位。】参 58，页 15。
20三武一宗灭佛事件中的三武，是指北魏太武帝、北周武帝、唐武宗，一宗是指后周世宗。这四位皇帝所灭的是当时兴盛的密教，而不是佛教，佛教乃是遭池鱼之殃所拖累。