又《大智度论》同卷龙树菩萨也为佛习气永尽，阿罗汉、辟支佛未断习气之原因作整个详细开示如下：
问曰：“诸阿罗汉、辟支佛同用无漏智，断诸烦恼，习何以有尽、不尽？”
答曰：“先已说智慧力薄，如世间火；诸佛力大，如劫尽火。今当更答：声闻、辟支佛集诸功德、智慧不久，或一世、二世、三世。佛智慧、功德于无量阿僧只劫广修、广习，善法久熏故，于烦恼习无复余气。复次，佛于一切诸功德皆已摄尽故，乃至诸烦恼习气永尽无余。何以故？诸善法功德消诸烦恼故；诸阿罗汉于此功德不尽得故，但断世间爱直入涅槃。复次，佛断结使，智慧力甚利，用十力为大刀，以无碍智直过故断，诸结使尽无复遗余。譬如人有重罪，国王大瞋，诛其七世根本，令无遗余。佛亦如是，于烦恼重贼，诛拔根本，令无遗余。以是故说：‘欲以一切种智，断一切烦恼习，当习行般若波罗蜜。’”1
注1《大智度论》卷27〈序品第 1〉，《大正藏》册25，页261，上26-中12。
《大智度论》卷27 开示：声闻、辟支佛仅断除世间爱，亦即断了三界爱的烦恼现行，其所得功德、智慧时劫很短，乃至可能仅有一世、二世或三世而已，不如诸佛久劫修集功德、智慧。因此二乘人畏惧生死轮回苦，心得决定终不改易，于舍寿后入无余涅槃。诸佛经过无量劫的修行，不仅断除了三界世间爱的分段生死，而且也断了三界世间爱的习气，以及无始无明的变易生死。于成佛后，仍然依照初地前所发的十无尽愿，继续利乐有情无有穷尽，所以功德、智慧远远超过声闻、辟支佛，不是声闻、辟支佛所能比拟的。
由上面经与论开示，很清楚告诉大众：佛已经永断习气种子随眠，声闻、辟支佛仅断除三界爱烦恼的现行，不断三界爱的习气种子随眠，更不断无始无明；所以声闻、辟支佛仍然有习气存在没有断除，这也是经中或论中所说的余气 2。
注2 、余气，亦名残气，也就是残留的烦恼，如《大般涅槃经》卷12〈圣行品第 19〉开示：“声闻缘觉亦复如是。以有爱习之余气故。不能得成阿耨多罗三藐三菩提。”《大正藏》册12，页682，上19-20。又《大智度论》卷2〈序品第 1〉也开示：“阿罗汉、辟支佛虽破三毒，气分不尽，譬如香在器中，香虽出，余气故在。”《大正藏》册25，页70，下4-6。
譬如毕陵尊者伽婆蹉，五百世为尊贵的婆罗门，因为使唤奴婢习惯了，今世遇缘，使唤的习气不经意就流露出来，如《大智度论》卷2 开示：
复次，长老必陵伽婆蹉常患眼痛，是人乞食，常渡恒水，到恒水边弹指言：“小婢！住！莫流！”水即两断，得过乞食。是恒神到佛所白佛：“佛弟子必陵伽婆蹉常骂我言：‘小婢！住！莫流水！’”佛告：“必陵伽婆蹉忏谢恒神！”必陵伽婆蹉实时合手语恒神言：“小婢莫瞋！今忏谢汝！”是时，大众笑之，云何忏谢而复骂耶？佛语恒神：“汝见必陵伽婆蹉合手忏谢不？忏谢无慢而有此言，当知非恶，此人五百世来，常生婆罗门家，常自憍贵，轻贱余人，本来所习，口言而已，心无憍也。”3
注3《大智度论》卷2〈序品第 1〉，《大正藏》册25，页71，上17-28。
毕陵尊者本身是一位三明六通的大阿罗汉，患有眼疾，又需要经常过恒河乞食，因为遵守世尊教诲，不敢随便使用神足通过河。因为无法过河的缘故，毕陵尊者于是观看恒河神到底是谁？知道原来是“她”，所以就对恒河神说：“小婢！小婢！把水停住，不要流动，让我过河！”恒河神听了，知道毕陵尊者是一位阿罗汉，不敢怠慢，于是赶快将河水分开，让毕陵尊者过河。可是堂堂一位恒河神被说成小婢，是可忍，孰不可忍，因此向佛告御状。佛差人找毕陵尊者过来问清楚。问了以后，知道毕陵尊者不对，要求毕陵尊者向恒河神忏悔。毕陵尊者谨遵佛的意旨，合掌向恒河神忏悔说：“小婢！不要起瞋！我向你忏悔！”在场的大众听了都笑翻了，原来毕陵尊者仍然唤恒河神为小婢。佛于是藉这个因缘向大家开示：“毕陵尊者五百世以来，生为尊贵的婆罗门家，恒河神曾经为毕陵尊者小婢，因为使唤惯了，习气使然，所以才会叫恒河神为小婢，不是心中有憍慢的缘故。”由论中开示可知：毕陵尊者虽然贵为阿罗汉，但是习气随眠仍然未除，遇到往昔五百世曾为家中小婢的恒河神时，使唤的习气不经意就出现了，并不是毕陵尊者心中有憍慢的缘故。
又譬如：
此贤劫中，波罗奈国有佛出世，号曰迦叶。于彼法中有一比丘，常行劝化，一万岁中，将诸比丘处处供养。于后时间，僧有少缘，竟不随从，便出恶骂：“汝等佷戾，状似毒龙。”作是语已，寻即出去。以是业缘，五百世中受毒龙身，心常含毒，触娆众生。今虽得人，宿习不除，故复生瞋。佛告诸比丘：“欲知尔时劝化比丘恶口骂者，今须菩提是。由于尔时供养僧故，今得值我，出家得道。”4
注4《撰集百缘经》卷10〈诸缘品第 10〉，《大正藏》册4，页250，中13-22。
须菩提本身是一位三明六通的大阿罗汉，因往昔在迦叶佛时曾为比丘，一时没有得到顺心，便起瞋心骂另一位比丘为毒龙，所以舍寿后下堕傍生道，五百世为毒龙，因此瞋心很重，今世虽然在释迦世尊座下成为三明六通的大阿罗汉，但仍有瞋的习气存在，使得今世有很多师兄弟，譬如难陀比丘等人，不喜欢与须菩提亲近。所以须菩提与众生的善缘比较薄，这也是须菩提于师兄弟众中最晚成佛的原因。又譬如：如摩诃迦叶瞋习故，佛灭度后集法时，勅令阿难六突吉罗忏悔，而复自牵阿难手出：“不共汝漏未尽不净人集法。”5摩诃迦叶（声闻的大迦叶）因为多生瞋息未除故，于佛灭后结集法时，令阿难向大众忏悔六突吉罗 6 的过失，并说：“不与有漏未尽、不清净的人一起结集！”又譬如：蜜婆私诧阿罗汉五百世在猕猴中，今虽得阿罗汉，犹腾跳树木，愚人见之即生轻慢：“是比丘似如猕猴！”是阿罗汉无烦恼心，而犹有本习。7
注5《大智度论》卷27〈序品第 1〉，《大正藏》册25，页260，下17-19。
注6 六突吉罗就是六种恶作、六种轻垢罪，亦即大迦叶责备阿难有六种过失：不问佛小小戒、请佛允许女人出家、以佛阴藏相示女人、不请佛久住世间、佛索水而不与、允许女人先礼，以致污舍利。
注7《大智度论》卷84〈三慧品第 70〉，《大正藏》册25，页649，下10-13。
蜜婆私诧本身是一位三明六通的大阿罗汉，因为曾经五百世为猕猴，所以今世虽然贵为阿罗汉，仍有猕猴跳跃躁动的习气存在，所以常遭到愚痴无智的人毁谤。
又譬如：
佛言：“有罗汉名憍梵鉢，已得阿罗汉道，反作牛饲。”弟子问佛：“何以故？”
佛言：“是比丘前世宿命时，七百世作牛，今世得道，余习未尽故。”8
注8《佛说处处经》卷1，《大正藏》册17，页527，上2-5。
憍梵鉢提本身是一位阿罗汉，曾七百世为牛，所以今世仍然牛的反刍及咀嚼的习惯存在，不时地将吃进的食物吐出来，像牛一样咀嚼著。因为这样的缘故，常遭世人指指点点、引人非议，所以 佛叫憍梵鉢提到忉利天，接受天人供养，一者、避免世人不明就里，妄加毁谤，因而造下毁谤阿罗汉无边罪业，未来要受苦果。二者、天人都知道憍梵鉢提是一位阿罗汉，名为应供，不仅不会毁谤，反而会供养阿罗汉，来培植及长养自己的善根与福德。
既然已知道阿罗汉仍有习气种子随眠存在，接下来要探讨什么是习气种子随眠？以及为什么会有习气存在？又该如何断？所谓习气种子随眠，就是一种习气、习性、惯性，也就是某种习惯不经意，而且经常性的行为出现。因此在生活上，某一种烦恼不经意而且经常不断地出现的行为，就是习性，如论中开示：烦恼习名烦恼残气，若身业、口业不随智慧，似从烦恼起。不知他心者，见其所起，生不净心，是非实烦恼，久习烦恼故，起如是业。譬如久锁脚人，卒得解脱，行时虽无有锁，犹有习在。如乳母衣，久故垢著，虽以淳灰净浣，虽无有垢，垢气犹在。衣如圣人心，垢如诸烦恼，虽以智慧水浣，烦恼垢气犹在。9
注9《大智度论》卷27〈序品第 1〉，《大正藏》册25，页260，下2-9。
龙树菩萨开示：习气名为烦恼残留之气，好像是烦恼一样，其实不是真正的烦恼，因为阿罗汉已经将烦恼现行断除，但仍有烦恼习气种子随眠没有断除，别人不知道这是习气种子随眠，以为是烦恼的现行。就好像在衣柜里放置樟脑丸，久而久之，衣服上面就会有樟脑的味道，就算你将樟脑丸取出，隔了一段时间，衣服仍然有樟脑的味道不散。譬如阿罗汉吃到美味佳肴，也会起轻微的贪，但是不会再贪第二口，这就是只断现行而不断习气种子随眠表征。又譬如有人当面骂阿罗汉，阿罗汉绝不会回骂，因为他已断烦恼现行，可是他会
不高兴不跟你说话，面无表情地转头就走了，这表示阿罗汉还有瞋的习气存在，没有断除。
又譬如在佛世，如果某甲说某乙阿罗汉不是阿罗汉，某乙阿罗汉还是会有瞋的习气现行，仍然会举椎打云板集众，要求某甲公开忏悔，避免某甲因为毁谤某乙阿罗汉，成就毁谤贤圣重罪，未来要下堕地狱受苦。
接下来，在日常生活中，如何观察习气的存在？知道以后，就可以面对它、消除它，以减少一些不好的习气。譬如养猫的人会发现，猫在大小便后，会有拨土将大小便掩盖的习惯；就算没有猫妈妈从小教导，或者没有土可拨，猫仍然会有拨土的动作出现。又譬如养狗的人会发现，有些狗生病时，没有狗妈妈教导，它会自己去找草来吃治病。又譬如鸟在啄食时，每啄一次，就会左右转头、翘尾巴，观察周遭的环境有没有危险，并且躁动不安的跳跃著，深恐被人抓著，从此生死两别。
又譬如草食动物，如羚羊、鹿、牛、象等，刚出生不到几分钟，妈妈也没有教导，它自己会很努力地学习站起来，尽管它刚站起来时总是东倒西歪、跌跌撞撞的，非常不稳。
又譬如刚出生的草食小动物，如果发现有危险出现，没有妈妈教导，自己就会躲在草丛里一动也不动，并与草丛环境融为一境，不容易被掠食动物发现；一直到危险过去了，才会从草丛里出来。又譬如小鳄鱼刚从卵中出生，就会集体出声引鳄鱼妈妈前来帮助，以离开孵化地。
又譬如鸟类的鹳，如果有二只刚出生不久的小鹳，这二只小鹳自然而然就会争食、斗争，乃至将同袍手足杀死，以获得全部食物来长养自己。又譬如锥齿鲨在母胎里，没有母鲨教导，自己就会手足相残，以便获得食物而得以成长及出胎。
又譬如刚从沙坑里出生的小乌龟，没有乌龟妈妈教导，就知道要往大海里走，不会往与大海相反方向走。又譬如刚出生的猪鼻蛇，没有妈妈教导，遇到危险时就会装死、吐舌、发出腐臭的味道，假装已经死亡多日；待其观察危险过了以后，自己翻身又活过来了。又譬如小眼镜蛇，刚出生没有多久，遇到危险时，就会将身体弓起来，并将皮摺张开来，让自己的身体看起来比平常大，以此来威吓他人保卫自己，避免被其他掠食吃掉。又譬如袋鼠的胎儿属于早产的胎儿，大约是一粒花生米那么大；于出胎后，不需要袋鼠妈妈教导，自然而然就会往妈妈的育儿袋方向爬，去找育儿袋里面的乳头吸吮乳汁。
又譬如刚出生的胎儿，肚子饿了，或者大小便弄脏、弄湿了屁股，感觉不舒服，不需要人教导，自己知道会哭；待其父母喂食了，或者换了干净尿布后就不哭了。又譬如看见手上有毒虫等物，自然而然就会将手迅速摆动，将彼甩掉，避免自己受害。
又譬如现代人，平常使用计算机习惯了，哪一天没有用电脑，就会觉得怪怪的，这表示已经养成使用计算机的习惯，突然的改变，会让人觉得不习惯。又譬如过去世曾当过官，养成当官应有的威仪习气，所以比较严肃，不容易与他人亲近，导致今世仍然有这种习气存在，他人看了，觉得这个人很严肃，很难以亲近；须待他人与这个人相处后，才会知道他并不如表面那么严肃，其实很容易与人相处。
又譬如有些人今世在音乐、美术、绘画、数学、棋艺等等世间法上稍加熏习后，会比其他的人更容易驾轻就熟，乃至出类拔萃，这表示此人过去世曾熏习此类的世间法，因此种子含藏在个人的如来藏内，今世有机会接触到这一类的世间法，就会勾起往世所熏习的种子出现，因此比一般人更快完成世间法的熏习，乃至在同侪中脱颖而出。又譬如刚要发脾气的时候，意识已经观照到自己要发脾气，也很理智告诉自己不可以发脾气，可是脾气还是发起了，这就是瞋的习气现起。
又譬如留有长头发的女众，因为低头或者其他原因，导致一边的头发垂下来，经常地有用手将侧边的头发调整到耳朵后面的动作出现。又譬如平常熏习某一首歌习惯了，只要起一个作意，歌词就在脑中出现，并且随口唱出，或是不需要用嘴唱，歌词就在脑中直接出现，不仅有声音出现在脑海中，就连身体也随著歌词的内容及拍子而随之起舞。诸如上述所说种种习气，在日常生活举目可见，只是你有没有仔细去观察、去了知而已。如果没有仔细去观察、去了知，表示你根本不知道什么是习气。既然连习气是什么都不知道，更遑论能改变习气了。如果你观察到了，也知道了什么是习气，未来可以透过种种境界去改变习气，乃至将不好的习气断除无余。