在佛法里面，所有的果都是由因缘而来的，既然所有果都是由前面的因跟缘而来，那我们都被之前的因跟缘所限定了；我们在这个因缘果报的限定之下，我们还有所谓的自由意志吗？
有人提出这个问题，其实这个是一个不容易回答的问题，也是很多人容易不了解的地方。所以在《长阿含经》的卷9里面，佛陀就有说到，佛陀说：【云何二难解法？有因有缘，众生生垢；有因有缘，众生得净。】（《长阿含经》卷九）
也就是说，既然前因跟缘已经被限定了，我们的果报就被定了，那我们在中间，我们如何会有人能够获得清净？为什么会有人一直不能解脱，而一直在污垢里面呢？这是一个很难令众生获得解答的一个难题。而且即使来到现代的科学时代里面，其实也有很多人，对于我们人体的构成，他产生很多的疑问，也产生很多经过研究之后而获得的一个猜测。譬如现在的脑神经科学里面，也在研究我们人的觉知跟大脑之间的关系是如何？因为研究了我们的大脑之后，发觉我们人的大脑这个物质的这种结构，会导致我们的认知；这样子物质跟我们的心的认知，内心里面的认知，它之间有一个对应关系。
如果说我们的内心都被我们的大脑所限制，那我们还有所谓的自由意志吗？表示说我们人的觉知，其实都是被物质所控制。所以有些人他想要获得快乐，他可能就吃个迷幻药；或者是说，他去吃点血清素，他就可以产生快乐；乃至如果说，他想要有一些特殊境界，他可以吃点迷幻药，它就产生迷幻的境界、殊胜的境界。那这样子，从这个眼光来看的话，我们的心、我们的意志，其实是受物质所控制啊！那我们怎么可以说，我们有所谓的自由意志呢？可是其实我们相反来想：我们的心既然受这些物质所影响，所以显然我们的意识心他不是真实。
那我们怎么样来理解这些事情？我们首先来看看脑神经科学的科学家他们的一些基本看法，特别是最近几年之内，在天下杂志里面有一篇文章，它就提到一种见解。在天下杂志464期里面，里面说：【最近神经科学也发现“自由意志是个假象”，人在作决策之前的五百毫秒，大脑已经先活化了，到行为出现之前的两百毫秒才进入我们的意识界，我们以为自己是行为的主人，其实还是受到这个大脑的规范！】（《天下杂志464期》）也就是说，科学家研究我们的大脑，结果他发现一个事实：就是当我们内心中下个决定要作一件什么事情的时候，下一个决定要作一件事情，在我们的头脑里面，其实有所谓的意识的一个范围，也就是我们的意识的一个运作的一个时间范围。他们研究了之后发现说：我们内心在意识的运作的范围时间之内，我们内心虽然说自觉我们下了一个决心，可是我们在下决心之前，在意识的时间范围之内、运作的时间范围之内，其实在这个之前，我们大脑就已经被活化；活化之后，我们的大脑中的意识运作的范围之内，才产生了一个运作，这样子我们才开始了我们的行为。所以从这样子来看，我们人确实是在意识的眼光来衡量之下，我们所谓的自由意志认为是由我们的意识来作决定的；可是事实上证明在这个之前，我们的大脑这物质已经被活化；因为活化了，我们才有意识的运作，那才产生了行为。所以从这个眼光来看，科学家认为说，我们人自以为有所谓的自由意志，可以作行为的主人，其实它是一个假象啊！因为我们是受物质所摆布，因为在意识运作的时间范围之前，其实大脑已经被活化，才导致意识的运作，才有行为的产生啊！
其实科学家所观察到、所测量到的这个现象，它确实是个事实。可是如果从我们佛法的眼光来看这件事情呢？其实这件事情说明一件事情：就是说从我们的头脑----这个在佛法中称为色阴，它是属于物质的东西；可是我们不是只有物质，我们还有所谓的心；在佛法中这个心就划分成四个，叫作受、想、行、识----所谓的受阴、想阴、行阴还有识阴。等于说我们一个人，他的构成是由色阴跟受、想、行、识来组合的；也就是说在现象界里面，我们人是由物质与内心这两个大类的法组合起来的。如果从这样子的蕴处界，这种物质与心理所构成的这样子眼光来看，其实在佛法里面，这个叫作无我的现象，它是一个无我的事实。
所以脑神经科学家他们去研究这样子的现象的时候，其实他可以获得一个结论：是说人的蕴处界，这样来观察的话，其实人是没有所谓的自我可言的。当然有些人经过科学家的研究之后，他会产生很多的邪见。他说：如果人是如此的话，那其实生命只是一种机率！因为在意识运作之前，已经有大脑的活化；可是他是如何活化的，是一个机率。有人有这样的诠释，就变成是说，其实我们人的行为是没有固定的，人的行为只是个或然率；乃至有人会推而广之，认为有佛陀出现在世间成佛，其实也是个或然率。其实这个都是错误的想法，因为人在这个蕴处界的观察之下，确实是由物质与心灵所构成；可是构成之后，其实在这个蕴处界之后，还有一个真实法，叫作第八识如来藏；这个第八识如来藏，才是所有蕴处界真正去构成的背后的一个基础。所以有了第八识如来藏，才出生了我们的物质，也就是我们的色身，还有乃至我们的心灵。所以我们的物质的基础----色阴跟受、想、行、识这四个心法，其实都是由第八识如来藏来出生的。
那至于说意识界，他的运作之前，还有一个大脑的活化，其实科学家不知道那是什么东西。如果我们从佛法说，其实那个是叫作第七识，也就是末那的决定；因为有末那的决定之后，才引发意识的决定，才产生了行为；从佛法来看，这个就是无我法。所以说在《阿含经》里面就这样说，《杂阿含经》卷3：【色是苦，受、想、行、识是苦；色是无我，受、想、行、识是无我。】（《杂阿含经》卷三）也就是说，这个物质它是苦的法，为什么？因为它是无常、不可以久住的法。那我们的心法----受、想、行、识，也是苦的法，因为它也不能常住。因为这样子，所以色、受、想、行、识这五阴，也就是我们一般人所观察到的人或是生命，不管是人或者是动物，其实他都是苦的、无常，而且也是无我的。可是为什么还会有一个我呢？那个我其实叫作第八识如来藏。只是因为第八识如来藏，他本身也是无我性，他是法界中永恒存在之法，他是不生不灭的，只是他很难令人觉察，是因为有了第八识如来藏才有众生的五阴。