佛地无垢识的种子究竟清净，而一切因地有情真心的种子有染污的、也有清净的。为什么？因为众生有种种烦恼染污其心，就会有烦恼杂染出生；有了烦恼杂染，就会造作种种善恶业而有业杂染出现，导致后有出生而受种种可爱、不可爱的异熟果报的生杂染。
为什么众生会有烦恼？最主要的原因，就是众生有无明，使得真心出生了七转识，在种种境界中去作种种分别，去执取种种境界的虚妄性为真实有，使得七转识不断地熏习以后，有了种种烦恼出现而造作种种善恶业，导致在三界中不断地出生而轮回生死。也就是说，因为众生有无明，再加上不断地熏习染污法，使得真心所含藏的七转识种子，有了染污，正如胜鬘夫人在《胜鬘经》卷1的开示：
世尊！然有烦恼，有烦恼染心；自性清净心而有染者，难可了知，唯佛世尊实眼实智，为法根本，为通达法，为正法依，如实知见（《胜鬘师子吼一乘大方便方广经》）
胜鬘夫人已经很清楚开示：这个不分别六尘的清净心，有种种烦恼，这些烦恼杂染都是七转识在种种境界中虚妄分别所产生的。也就是说，自性清净心含藏了七转识染污的种子，这就是经中所开示自性清净心而有染污的道理；像这样甚深的道理，唯有世尊才能如实通达了知。
当胜鬘夫人作如是开示以后，佛则随喜赞叹而说：
如是！如是！自性清净心而有染污，难可了知。有二法难可了知：谓自性清净心难可了知，彼心为烦恼所染亦难了知。如此二法，汝及成就大法菩萨摩诃萨乃能听受，诸余声闻唯信佛语。（《胜鬘师子吼一乘大方便方广经》）
也就是说，佛于胜鬘夫人开示以后，则随喜赞叹而说：“就是这样子啊！就是这样子啊！自性清净心含藏了七转识染污的种子，真的很难让人相信及了知。有两种法很难让人了知：那就是自性清净心的行相很微细，很难让众生亲证而了知祂的存在；这个自性清净心为烦恼所染，也很难让众生相信及了知。这两种法，只有胜鬘夫人以及至少是明心的菩萨摩诃萨才能了知，其余的声闻只能相信佛语的开示。”
佛已经很清楚开示两点：第一点，自性清净心而有染污，也就是一切有情的真心不分别六尘的体性，就是自性清净心的清净性，可是祂含藏了七转识无始劫以来所熏习染污的种子，因此说自性清净心而有染污的道理。第二点，像这样自性清净心而有染污的说法，唯有菩萨摩诃萨能够亲证及信受，其余的声闻相信佛语的开示，相信自性清净心而有染污。既然菩萨以及声闻能够接受这样的道理，表示凡夫众生无法接受这样的说法；乃至口中说已经接受了，其实内心还是无法接受，所以才有佛门的法师不相信而说：“清净就清净，染污就染污，哪有清净当中还有染污的存在？”这也证明佛的开示：这个人就是凡夫！
然而七转识所含藏的染污的种子，二乘人只要将烦恼现行，也就是将我见、我执、我所执断除，就能够断除分段生死而入无余涅槃，永不再三界现身意。菩萨则不然，不仅要断除烦恼的现行，还要断除二乘人所不能断的烦恼习气种子随眠。所以菩萨完成第一大阿僧祇劫的修行，可以成就慧解脱的证境而不入无余涅槃，可以断除分段生死而不断，故意留一分思惑润未来生，继续在无生法忍的道种智用心。
当菩萨转入第二大阿僧祇劫的地上阶位修行，继续断除二乘人所不能断除的烦恼习气种子随眠，如是一一经历及断除色阴区宇、受阴区宇、想阴区宇，不仅断除了二乘人所不能断的烦恼习气种子随眠，而且也成就了色阴尽、受阴尽、想阴尽的七地满心菩萨，因而转入第三大阿僧祇劫继续修行。
在第三大阿僧祇劫中，更有二乘人所不能断除的变易生死，菩萨一一去断除，一直到十地满心，才将行阴区宇断除而成为行阴尽的十地满心菩萨，因而转入等觉地、妙觉地，最后成佛的因缘成熟而诞生人间，于菩提座下明心见性，将识阴区宇断除，成为识阴尽而且四智圆明的究竟佛。
从这里可以证明：二乘人仅断除了烦恼现行的分段生死，菩萨不仅断除了烦恼现行的分段生死，而且还断除了二乘人所不能断除的烦恼习气种子随眠，更断除了二乘人都无法想象、无法断除的变易生死。这也是阿罗汉被称为阿罗汉，而不能被称为佛陀的最主要原因之一。如果有法师、居士们主张“阿罗汉就是佛”，你一定很清楚知道，这样的人，连最基本的佛法正知见也没有，犹待他去圆满具足佛法的正知见，否则以此错误的邪知邪见来误导众生，未来有殃在，那可就不好了。