“五时”是将本师释迦牟尼佛一生所说的法按照先后顺序划分为五个阶段，“三教”是将佛所说法按照先后顺序以及义理的深浅划分为三个系统，判教是判别“三教”何者为了义，并以了义经融通不了义经的方法。
一、五时三教
（一）五时三教之内涵
两千五百余年前，古印度迦毗罗卫国的悉达多太子于菩提树下成佛后，七日中不动不语时，其庄严报身于天界说《华严经》，此第一时也。七日后佛陀先至鹿野苑，为憍陈如等五人初转声闻法轮，说“苦、空、无常、无我”。佛初转法轮目的有二：一者，度诸有缘得证解脱，证解脱者自知已出三界轮回，能为他人建立信心，佛法因此得以久住；二者，世尊出世弘法之初，常见外道盛行，为摧灭常见外道，以免其障碍佛法的弘传，故《大般涅槃经》卷四，佛言：“若佛世尊（不先说无常，而）先说常（法身之“常”、“乐”、“我”、“净”）者，受化之徒当言‘此法与外道同’，即便舍去。……我之所有声闻弟子亦复如是，如汝婴儿，不能消是常住之法，是故我先说苦、无常。”世尊初转法轮，说声闻教，此第二时第一教也。
佛初转法轮摧灭常见外道已，佛法得以广传。然有学人不解佛初转法轮所说义，误认为“我空法有”，以为生死轮回、三界实有，便急于解脱。世尊为除彼法有执，亦为接引声闻弟子回小向大，遂二转法轮说《大般若经》等般若系诸经，密义（即不了义）说“一切法空”。大乘法教由此展开，此第三时第二教（般若教）也。世尊二转法轮后，复有学人不解佛意而生空有之诤：一方说一切皆空——般若经说无一法可得故；一方说有——般若经说有不生灭、离断常之诸法实相故。双方未契中道，执“空”执“有”，争执不已。世尊为除此空、有执，兼为已证般若中道者得入诸地，遂三转法轮说《解深密经》《楞伽经》《如来藏经》《无上依经》《同性经》《不增不减经》等如来藏唯识系诸经，明说心外无法，万法唯识，以破有执；明说蕴处界一切法空，非无本识（第八识），以破空执；明说八识心王及诸法自性空及不空，离有无两边，正处中道。如此则种种争执化为乌有，融合圆满，此第四时第三教（唯识教）也。世尊涅槃前，复以《大般涅槃经》说果地法身之“常、乐、我、净”，说眼见佛性，并总结一生之说法，此第五时也。
（二）误会“五时三教”之举例
在判教的根本经典《解深密经》汉译之前，有学者误解“五时三教”，其误解之处主要是将佛第三时与第四时说法的次序颠倒，以为佛说如来藏唯识教是第三时，而将佛说般若系诸经置于第四时。此说明显地违背了《解深密经》中的相关开示，详见下文。
二、判教
（一）判教
根据义理的浅深、说法时的先后顺序等，将佛所说法加以剖析分类，以明确何者为了义、何为不了义，并以了义经的义旨统摄、融会、贯通不了义经的方法称为判教。判教的核心问题，就是区分了义与不了义。
一般来说“了义”，是指佛所说的法已经明确的显示出全部义理，也就是究竟的说法，绝对的真理；所谓“不了义”则是指佛说某一法时候根据听法者的根器，不明确的说出该法的全部义理，其中还有密义未曾揭示，也就是还埋有伏笔，要待日后时机成熟再将其中的密义揭示出来。故“不了义”并不是有问题的说法，而是不究竟、不完整的说法，是方便说，是相对真理；因此对于不了义法，不能破（对邪见才需加以破斥），只需进一步阐释其隐含的义理，加以圆满即可。
判教的意义重大，佛教有的经典说“有”，有的经典说“空”，有的经典讲“苦、空、无常、无我”，有的经典讲“常、乐、我、净”。如果不作判教，不以了义经为准绳来融通不了义经所说的义理，就无法准确地理解佛教的教义，甚至会认为经典自相矛盾。
在玄奘大师翻译《解深密经》之前，有若干种判教方法，并有所争论，直到《解深密经》翻译过来以后，我国才形成完善的判教理论。《解深密经》是判教的核心经典，在《解深密经》卷二之<无自性相品第五>中，胜义生菩萨言：
“世尊初于一时在婆罗痆斯仙人堕处施鹿林中。惟为发趣声闻乘者，以四谛相，转正法轮。虽是甚奇，甚为希有，一切世间、诸天人等，先无有能如法转者。而于彼时，所转法轮，有上有容，是未了义，是诸诤论，安足处所（以上谓佛初转法轮所说《阿含》诸经为不了义经）。世尊在昔第二时中，惟为发趣，修大乘者，依一切法，皆无自性，无生无灭，本来寂静，自性涅槃，以隐密相，转正法轮。虽更甚奇，甚为希有，而于彼时，所转法轮，亦是有上有所容受，犹未了义，是诸诤论，安足处所（以上谓佛二转法轮所说的以《大般若经》《金刚经》《心经》为代表的般若系经典仍非究竟了义）。世尊于今第三时中，普为发趣一切乘者，依一切法，皆无自性，无生无灭，本来寂静，自性涅槃，无自性性，以显了相，转正法轮，第一甚奇最为希有！于今世尊所转法轮，无上无容，是真了义，非诸诤论，安足处所（以上谓佛第三转法轮所说的以《解深密经》《楞伽经》《大乘密严经》为代表的如来藏唯识系经典为了义经）。”
窥基大师在《成唯识论述记》卷一如是解说：
“故大悲尊初成佛已，仙人鹿苑转四谛轮，说《阿笈摩》（《阿含经》）除我有执，令小根等渐登圣位。彼闻四谛虽断我愚，而于诸法迷执实有。世尊为除彼法有执，次于鹫岭说诸法空，所谓《摩诃般若经》等，令中根品舍小趣大。彼闻世尊密义意趣说无破有，便拨二谛性相皆空为无上理。由斯二圣互执‘有’、‘空’，迷谬竞兴，未契中道。如来为除此空、有执，于第三时演了义教，《解深密》等会说一切法唯有识等，心外法无，破初有执，非无内识，遣执皆空，离有、无边正处中道，于真谛理悟证有方，于俗谛中妙能留舍。……故知第三时中道之教也。”
是故世尊第三转法轮时所说的中道教，融通空有，才是了义经。由此可见，世尊一生三转法轮为众说法是遵循由浅入深，由不了义到了义的顺序的，是按照阿含系、般若系、唯识系的次第展开的。然划分了义与不了义不仅仅依据世尊说法时间的先后，也兼顾义理的深浅，譬如世尊成佛后，最先为天界的利根菩萨说《华严经》，由于义理很深，故在判教的时候也划归到第三转法轮的了义经中。
（二）判教错误之举例
历史上佛教诸宗多有各自的判教方法，然不少判教思想是有问题的，其中影响最大，同时也倍受争议的，当属古印度的应成派。在古印度，持应成派“中观见”者认为佛第三转法轮所说的如来藏唯识教是不了义，认为佛第二转法轮所说的“一切法空”才是了义，这种观点明显违背了《解深密经》中有关第三转法轮的经典才是了义经的论断。古印度的应成派“中观”学人之所以有如此误会者，是因为其没有证得法界实相如来藏，无法通达“空”、“有”，但凭意识思维，由此误解了《楞伽经》中的一段经文，并据此判定如来藏唯识系诸经是世尊专门度化愚夫、外道而说的法。应成派学人误会的这段经文，见《大乘入楞伽经》卷二之<集一切法品第二之二>，佛告大慧菩萨：
“大慧！我说如来藏（真我），不同外道所说之（五蕴）我。大慧！如来应正等觉，以性空、实际、涅槃、不生、无相、无愿等诸句义说如来藏，为令愚夫离无我怖；（故如来为之）说无分别、无影像处如来藏门，未来、现在诸菩萨摩诃萨，不应于此执著于我。大慧！譬如陶师于泥聚中，以人功、水杖、轮绳，方便作种种器；如来亦尔，于远离一切分别相、无我法中，以种种智慧、方便善巧，或说如来藏，或说为无我；种种名字，各各差别。大慧！我说如来藏，为摄著‘我’诸外道众，令离妄见，入三解脱，速得证于阿耨多罗三藐三菩提。是故诸佛说如来藏（真我），不同外道所说之我（五蕴我）。若欲离于外道见者，应知无我如来藏义。”（该段经文还可对照《楞伽阿跋多罗宝经》卷二、《入楞伽经》卷三之相关部分）
在这段经文中，世尊说，“为令愚夫离无我怖，说无分别、无影像处如来藏门”，“我说如来藏，为摄著‘我’诸外道众，令离妄见，入三解脱，速得证于阿耨多罗三藐三菩提”。如果学人不明三乘佛法的义理，孤立地看这两句经文，依文解义，难免会得出世尊为度化愚夫、外道才说如来藏唯识法门的结论——当然这个结论本身是错误的。因为在这一段经文的上文，世尊已经很明确地定性如来藏唯识法门：
“大慧！如是藏识（阿赖耶识如来藏）行相微细；唯除诸佛及住地菩萨（能知），其余一切二乘、外道（以其）定慧之力皆不能知。”（《大乘入楞伽经》卷二之<集一切法品第二之二>）
为何世尊上文说阿赖耶识如来藏行相微细，唯除诸佛及住地菩萨才能了知，其余一切二乘、外道皆不能知（显见阿赖耶识如来藏法门是很高深的，不是愚夫、外道所能了知的），而下文世尊又说“为令愚夫离无我怖，说无分别、无影像处如来藏门”，“我说如来藏，为摄著‘我’诸外道众……”？是否经文前后有矛盾？还是别有深意？
此处先来论证如来藏唯识教是对大菩萨才开示的法门，再来说明除了大菩萨以外，世尊还对哪一类愚夫、外道开示此如来藏唯识法门。
1、如来藏唯识教是世尊对大菩萨才开示的法门，而非专门度化愚夫、外道而说的法门
对一部经、一段经文的理解，若产生歧义时，可以参阅其他经典，以便正确理解。“当于诸经推其虚实，依律、依法究其本末”（《长阿含经》卷三之“四大教法”），以其他经典作为辅助来正确的理解某部经、某段经文的义理，是符合世尊所言“四大教法”的精神的。世尊还告诫后世弟子，熏习法义，贯通经文，当依“四依法”：依法不依人，依义不依语，依智不依识，依了义经不依不了义经（详见《大般涅槃经》卷六）。故下文列举些其他经典（尤其是了义经）中涉及如何定位如来藏唯识法门的经文，秉承“依义不依语（文字）”的原则来理解《大乘入楞伽经》卷二这段经文的真实义。
第一，宣讲第八识阿赖耶识如来藏的经典是佛第三转法轮所说，是了义经，这在《解深密经》中是有明确的界定的，了义经并不适合对初机学人、对外道宣讲（度化愚夫、外道一般说苦、无常、无我一类基础法义），怎么能说如来藏唯识教是世尊专门度化愚夫、外道而说的法门？
第二，世尊第三转法轮讲如来藏唯识系的根本经典时，请法、受法的对象几乎都是菩萨摩诃萨级别的大菩萨。譬如，世尊在讲《解深密经》时，请法、受法的对象是曼殊室利（文殊师利）、观自在、弥勒、胜义生等菩萨摩诃萨，复有“无量菩萨摩诃萨，从种种佛土而来集会”；世尊讲《大乘密严经》时，请法、受法的对象是文殊师利、观自在、弥勒、得大势、金刚藏等菩萨摩诃萨，复有“十亿佛土微尘数菩萨摩诃萨俱”；世尊讲《楞伽经》时，请法、受法的对象是大慧等菩萨摩诃萨，亦有菩萨摩诃萨众“皆从种种诸佛国土而来此会”。故世尊第三转法轮讲唯识诸经时，如是请法、受法者，都是菩萨摩诃萨，无一是凡夫，更不要说是外道了。而世尊在第二转法轮讲般若系诸经时，请法、受法的对象绝大多数是回小向大的声闻阿罗汉，少有菩萨摩诃萨级别的大菩萨。譬如，《金刚经》请法的是须菩提尊者，随从闻法的也是声闻弟子——“大比丘众千二百五十人俱”；《心经》请法、受法的对象是舍利子（舍利弗），也是回小向大的阿罗汉；六百卷的《大般若经》，请法、受法的对象主要是善现（须菩提）、舍利子、满慈子（富楼那）等声闻弟子。世尊初转法轮讲《阿含》诸经时，请法、受法者是声闻弟子，乃至外道。世尊一生说法越说越深妙，请法、受法者的“级别”也越来越高，佛第三转法轮说唯识诸经时，甚至他方世界的无数菩萨摩诃萨以神足通前来请法、受法，怎么能说如来藏唯识教是世尊专门度化愚夫、外道而说的法门？
第三，唯识系诸经主要是讲第八识阿赖耶识如来藏所具有的种种体性的经典，再来看看其他经典是如何评价阿赖耶识如来藏的。
《大宝积经》卷一百一十九，胜鬘夫人复白佛言：
“世尊！如来成就过于恒沙具解脱智不思议法，说名法身。世尊！如是法身不离烦恼，名如来藏。世尊！如来藏者，即是如来空性之智。如来藏者，一切声闻、独觉所未曾见，亦未曾得，唯佛了知及能作证。”