“阿罗汉只是断除烦恼的现行，而没有断除烦恼的习气。”如何理解？
问︰第七识为何有时清净？有时不清净？如何常使第七识相应无漏法种？
答︰第七识当然会有时清净、有时不清净；即使到了阿罗汉位，第七识都还有时会不清净。譬如难陀比丘，他有三十种大人相，非常庄严，所有的女人都很喜欢他；可是他每逢说法时，眼光一定会先看女众，然后才会看男众。我方才上座时是先看男众还是女众？(大众笑了起来)我忘了，没注意到。
难陀比丘凡是走入大众之中，他一定先跟女众招呼说话，然后才和男众招呼说话；这就是不清净的末那识，就是烦恼障的习气种子，属于菩萨道中所修断的习气种子。阿罗汉只是把烦恼障的现行断了，但是习气种子仍然存在。
又譬如毕陵尊者，有一次想过恒河时，正好河水暴涨，佛又规定不许用神通过河，所以他就用天眼观察恒河神是谁？结果是他过去五百世以来家中的婢女，所以他就指着恒河神说：「小婢！我要过河，你把河水降低，让我过去。」恒河神一看，这是一位大阿罗汉，虽然不高兴，也只得把河水降了，让毕陵尊者过河；这恒河神觉得华陵尊者不尊重他，就去向世尊投诉，说毕陵尊者骂他。佛就叫侍者找来毕陵尊者，问他：「你有没有说他是小婢？」毕陵尊者说有，佛就叫他向恒河神道歉，毕陵尊者说：好！他就向恒河神说：「小婢！过来！我向你道歉！」他脱口而出，还是叫他小婢。这时佛就说了︰「他过河时，其实不是在骂你。那是因为你过去五百世以来，都在他家里当婢女，他叫惯了，(76)所以脱口而出就叫你小婢，这是他的习气，不是故意骂你，这不是一时之间所能改得过来的，你不必生气。」这就是佛教史上有名的真实故事--毕陵尚慢。他并不是故意起慢，只是往昔多世累积的慢习尚未消除，所以名为习气。大阿罗汉尚且还有这种染污末那，何况是初学佛者？
为什么第七识末那的这种染污习气会存在很久呢？这是因为末那是遍缘一切法的。因为他是遍缘一切法的缘故，所以当你睡着无梦、意识断灭时，他还是藉五尘上的法产而遍缘一切法的；当五尘上的法尘有了剧烈的变动时，祂就会唤醒意识来作分别和判断。在睡着无梦时、闷绝时、正死位时、无想定中、灭尽定中，祂都是这样不休不息地遍缘一切法；更何况是醒着的时候呢？祂又有一个特性，就是思量作主的体性；这种思量作主的体性是分分秒秒都不休息的，所以大阿罗汉的末那在意识尚未加以检查的时候，祂就已经在依过去的习气运作了。所以难陀尊者仍有先看女众的习气，但是当祂的意识发觉到这个现象的时候，就会纠正末那；这样一吹又一吹的纠正而消除染污末那的习气以后，才能渐渐成为清净的末那，习气才算是真正的修除了；在尚未完全消除之前，都还有少分染污性存在。必须到了究竟佛地，才算完全消除转换完成，所以在未成为究竟佛时，末那识都多多少少还有染污的种子存在。想要转变为究竟清净的末那识，必须在悟后历经长时间的历缘对境中，一分一分去转变祂，并非一悟就可完成的。但也不是像世间法上所讲的「江山易改，本性难移」，只要有决心，努力去做，时间久了，还是可以有成绩的。
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阿罗汉与佛的差异从烦恼障来说，佛是断尽无余，而阿罗汉是仍有余习未尽，如
《摄大乘论释》卷9：「谓声闻等虽尽烦恼犹有习气。随缚所作掉举等事。如彼尊者大目揵连。五百生中常作猕猴。由彼习气所随缚故。虽离烦恼而闻乐时作猕猴跳踯。有一独觉。昔多生中曾作淫女。今余习故时庄饰面。」(CBETA, T31, no. 1598, p. 442, a24-29)
《大智度论》卷38：「问曰。三恶道中来亦有得道者。如舍利弗大弟子牛足比丘。五百世牛中生。末后得人身足犹似牛。而得阿罗汉道。复有摩偷婆尸他比丘。五百世生猕猴中。末后得人身得三明六神通阿罗汉犹好跳踯。以有余习故。如是等皆得道。何以言不任。」(CBETA, T25, no. 1509, p. 337, a3-9)
《阿毘达磨大毘婆沙论》卷16：「非如独觉及诸声闻。虽断烦恼而有余习。
贪爱习者如尊者阿难。
怜诸释种瞋恚习者如尊者毕陵伽筏蹉。语殑伽神言小婢止流吾今欲渡。
憍慢习者如尊者舍利子弃掷医药。
愚痴习者如尊者笈房钵底。食前咳气知食未销不知后苦。而复更食。如是等事其类甚多。世尊虽无烦恼余习」(CBETA, T27, no. 1545, p. 77, a27-b4)